Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 2,875,251 | 0 | G | T | 12.3% | 504.0 / 8.8 | 175 | L5F (TTG→TTT) | iap | alkaline phosphatase isozyme conversion aminopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/98); new base T (22/2); total (75/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTA‑TTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTA‑TGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGTGATATTCGGACATTTAATAGTCGGTATATTTATACC > NC_007779/2875016‑2875488 | tGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTA‑TTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTgcgc < 1:100625/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |