Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,205,143 | C→A | 11.5% | Q9K (CAG→AAG) | ttdA → | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,205,143 | 0 | C | A | 11.5% | 228.5 / 5.6 | 97 | Q9K (CAG→AAG) | ttdA | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/58); new base A (9/3); total (33/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTT‑TAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTG‑ACAGAGATTGTC‑GCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGAC‑GTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGA‑AACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTCCCGCTTCCC > NC_007779/3204908‑3205381 | atcATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTT‑TAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:308502/237‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |