| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,236,547 | A→G | 13.8% | E194G (GAG→GGG) | Y75_RS16075 → | Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,236,547 | 0 | A | G | 13.8% | 210.4 / 2.5 | 100 | E194G (GAG→GGG) | Y75_RS16075 | Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/24); new base G (2/13); total (62/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGGTGCTGTTTGAGGCATTTAAAACCGCCTGCCTGCCGAACTTTCATTTGTTGCGCCAGGCGCTGCCGAAAGTCGGCAAACTGCGGAAAGTCTTTTTCAACTATTGCCAGTATTCCTCGCGGTATCAACGTTACCTGGATGGTGAGAATCCCAACACCTTTAATCCGGCATTCTCTAACGGTTCAATTATGGATATCGGTTTTT‑ACTGTCTGGCGTCGGC‑GGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCT‑GTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCC > NC_007779/3236310‑3236784 | tggtgCTGTTTGAGGCATTTAAAACCGCCTGCCTGCCGAACTTTCATTTGTTGCGCCAGGCGCTGCCGAAAGTCGGCAAACTGCGGAAAGTCTTTTTCAACTATTGCCAGTATTCCTCGCGGTATCAACGTTACCTGGATGGTGAGAATCCCAACACCTTTAATCCGGCATTCTCTAACGGTTCAATTATGGATATCGGTTTTT‑ACTGTCTGGCGTCGGC‑GGTGGCGTTATTTGGTGa > 1:2029201/1‑238 (MQ=255) 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TGGTGCTGTTTGAGGCATTTAAAACCGCCTGCCTGCCGAACTTTCATTTGTTGCGCCAGGCGCTGCCGAAAGTCGGCAAACTGCGGAAAGTCTTTTTCAACTATTGCCAGTATTCCTCGCGGTATCAACGTTACCTGGATGGTGAGAATCCCAACACCTTTAATCCGGCATTCTCTAACGGTTCAATTATGGATATCGGTTTTT‑ACTGTCTGGCGTCGGC‑GGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCT‑GTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCC > NC_007779/3236310‑3236784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |