| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,308,855 | G→C | 15.3% | intergenic (‑76/+33) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,308,855 | 0 | G | C | 15.3% | 433.8 / 10.7 | 156 | intergenic (‑76/+33) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/28); new base C (2/25); total (101/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAA‑TCACTTCCTGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGCGAGGACTTCACTTTTACGCCAGGAAGTATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAA‑CACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACG‑TCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCC‑TGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCCTGACCCATCTGCAGGTAATCGGTCACTTTCTCAACGCGTTTGTCAGCGATTTGAGAGATGTGGACCAGACCTTCTT > NC_007779/3308621‑3309090 | atatgagCCAGAA‑TCACTGCCAGCTGTAAAGTCGGTTGCAATGGTACCGAGAGGAGTGCACTTTTACGCCAGGAAGGATTACTGCATCCTGCACGCGTAAGAGCTGTCGAAACGCAA‑CACAAGCGCAAACAAGGCTTCATTTCGCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACG‑TCCTGTTCCCGGTTTCTAACAAGGCTTCC‑TGCCGGGTTAAAAC‑ACCCCCGCCTCGGCGGAGGGCaa > 2:234931/7‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |