Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,411,477 | C→T | 5.8% | intergenic (+55/‑31) | fis → / → yhdJ | DNA‑binding transcriptional regulator Fis/adenine‑specific DNA‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,411,477 | 0 | C | T | 5.8% | 744.0 / 4.9 | 255 | intergenic (+55/‑31) | fis/yhdJ | DNA‑binding transcriptional regulator Fis/adenine‑specific DNA‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (127/110); new base T (2/15); total (129/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTTTGCTCAACTGAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGAT > NC_007779/3411239‑3411713 | ttttGCTCAACTGAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCGTGGGGAAGCGcc < 1:423887/239‑1 (MQ=255) ttttGCTCAACTGAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGcc < 1:1859411/239‑1 (MQ=255) cTCAACTGAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCttttt > 2:928127/1‑239 (MQ=255) cTGAATGGTCAGGATGTGACTGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGAGCATCAACCGTGGCACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGCACTAAATCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTAATCGGCATCGGGCAGCGCCTTTTTTATAg > 1:1310096/1‑239 (MQ=255) 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aTGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑Caaa < 2:1579994/236‑1 (MQ=255) gAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTg < 2:725042/239‑1 (MQ=255) gAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTg < 1:928127/239‑1 (MQ=255) 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2:1270029/1‑230 (MQ=255) gCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGAGCCTTTTTTATCGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGGTGTGAAACGa > 2:66891/1‑239 (MQ=255) cTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGa < 2:948260/238‑1 (MQ=255) taaaGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGAcc < 1:1042692/237‑1 (MQ=255) 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cccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAAt < 2:181680/237‑1 (MQ=255) cccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAAt < 1:289982/237‑1 (MQ=255) cccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAT‑TGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCA‑CAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATg < 2:603466/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |