| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,477,968 | A→C | 6.8% | V75G (GTG→GGG) | oxyR ← | DNA‑binding transcriptional regulator OxyR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,477,968 | 0 | A | C | 6.8% | 748.9 / 3.1 | 244 | V75G (GTG→GGG) | oxyR | DNA‑binding transcriptional regulator OxyR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (127/92); new base C (3/21); total (130/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
GCTTCGCTCTCTTTCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTCACGCAGCACGGTACGCGCCTGATCCACCAGCAGCATTCCCGCCTGGGTGAACAACACTTTACGGCTGGTCCGCTCCAGCAACATCACGCCCAGCTC‑ATCTTCCAGCTTACGAATTTGCCCGCTAAGCGTCGGCTGGCTAACGTGGCAGGAATCTGCCGCACGCCGAAAATGGCGGTGTTCAGCCAATGCCACCAGGTACTCAAGATCACGAATATTCATTATCCATCCTCCAT > NC_007779/3477731‑3478205 | gCTTCGCTCTCTTTCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCa > 2:713267/1‑238 (MQ=255) tCGCTCTCTTTCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTc > 1:1454984/1‑239 (MQ=255) cGCTCTCTTTCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTc > 2:1774946/1‑238 (MQ=255) cGCTCTCTTTCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTc > 1:1320961/1‑238 (MQ=255) 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tttCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTCACgcagca < 1:387121/239‑1 (MQ=255) tttCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGGTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGCACATCGTCTCGCCCTGCTGGCCTGCCATCTCTTTAAGGACTTTCACCTCACccagc > 2:2114294/1‑238 (MQ=255) ttCACCAGCGCGAGGATCACGCAATCGAGTTTGCCGCTGTCCAGTTGCGCCAGTAACTGGTGGGTCTGTGCTTCATGCAGATACATTTCCAGCTTTGGAAAGGTCTGTTGCAGCATAGGGATAATATGCGGTAGCAGGTACGGTCCAACTGTGGGAATCAAACCAATGTGCAGCGGTCCGGACATCGTCTCGCCCTGCTGGCTTGCCACCTCTTTAAGGACCTTCACCTCAcgccgccc > 2:1123938/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |