Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,685,148 | A→T | 92.4% | pseudogene (974/1645 nt) | Y75_RS18285 ← | acetolactate synthase 2 catalytic subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,685,148 | 0 | A | T | 92.4% | 737.2 / 34.5 | 206 | pseudogene (974/1645 nt) | Y75_RS18285 | acetolactate synthase 2 catalytic subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/9); new base T (88/102); total (95/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CATGGTACCTAAACCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTGATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCACACTCCTGCACCGCGAAGTTTGCCGCTTTGGTGCCGTGCATC > NC_007779/3684915‑3685375 | cATGGTACCTAAACCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCGTTGATTTTACGgc < 1:305867/239‑1 (MQ=255) cATGGTACCTAAACCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTGATTTTACGgc < 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< 1:986663/231‑1 (MQ=255) gCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTGATTTTACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 2:196695/1‑239 (MQ=255) gCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTGATTTTACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 2:928692/1‑239 (MQ=255) cTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATCTGGTGCTGCCCCACATCTGTGGTCACGACGCAATCCGCAGGTTTACGATCCGACAGTTGTTTTAACAACAACGGCGCGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTGATTTTACGGCTGCTGTAATGCTGGTa > 2:2112290/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |