Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 4,044,279 | A→G | 6.6% | S90G (AGT→GGT) | livH → | high‑affinity branched‑chain amino acid ABC transporter permease LivH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 4,044,279 | 0 | A | G | 6.6% | 740.5 / 4.6 | 263 | S90G (AGT→GGT) | livH | high‑affinity branched‑chain amino acid ABC transporter permease LivH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/134); new base G (17/4); total (123/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ATGTTTAACGGCGTCACGCTGGGCAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCGGTGCGTAACTCTAAGCGCCTGATTGCACTCATCTCTGCAATCGGTATGTCCATCTTCCTGCAAAACTACGTCAGCCTGACCGAAGGTTCGCGCGACGTGGCGCTGCCGAGCCTGTTTAAC‑GGTCAGTGGGTGGTGGGGCATAGCGAAAACTTCTCTGCCTCTATTACCACCATGCAGGCGG‑TGATCTGGATTGTTACCTTCCTCGCCATG > NC_007779/4044045‑4044515 | aTGTTTAACGGCGTCACGCTGGGCAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTAt > 1:1195713/1‑239 (MQ=255) gCGTCACGCTGGGCAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTg > 1:581851/1‑239 (MQ=255) cGTCACGCTGGGCAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTGCGCGCAAACGTCATTGCCAGCGCCCACGGCTGGGGTATCCAACgggggg > 2:1917860/1‑239 (MQ=255) cGTCACGCTGGGCAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTg < 1:1009970/238‑1 (MQ=255) cAGTACCTACGGGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAGTCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCg < 2:1155112/238‑1 (MQ=255) cAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACCCCATGGTTTACGGCAGTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCg < 2:2071716/238‑1 (MQ=255) cAGTACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCg < 2:382007/238‑1 (MQ=255) tACCTACGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGGCGGCGGCTGGTAGCTGAGGGGTTCGTCCGCGCAAACGGCATTGCCAGCGCCTTCCGCCGGGGGATCGAACGGGGGGGTTGCCCCCCgcggg > 2:1873760/1‑235 (MQ=255) aCGCGCTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCATTGCCAGCGCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCGGTGCGTa > 1:2053211/1‑237 (MQ=255) cTGATAGCCATCGGCTACACCATGGTTTACGGCATTATCGGCATGATCAACTTCGCCCACGGCGAGGTTTATATGATTGGCAGCTACGTCTCATTTATGATCATCGCCGCGCTGATGATGATGGGCATTGATACCGGCTGGCTGCTGGTAGCTGCGGGATTCGTCGGCGCAATCGTCCTTCCCAGCGCCTACGGCTGGGGGATCCAAACGGGGGCTTTCCCCCCGGTGCGTTActctca > 2:678108/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |