Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 4,108,967 | T→G | 8.5% | S331A (TCG→GCG) | Y75_RS20260 → | DUF4153 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,108,967 | 0 | T | G | 8.5% | 569.7 / 2.1 | 191 | S331A (TCG→GCG) | Y75_RS20260 | DUF4153 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/126); new base G (22/2); total (63/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CGGGTTGCTGTTGACGCTGGCCTTTTTGCAATTGATCTTAATGGCTATTGTCCGCGATCCGCAAAAAGCGTCACTTCCCTGGACAGGGCCGTTGCGTTGCCTGATTAAAACCGCTTTGCTGGTTGCTCCGCTGTATGTGTTCGTCGCCGCCTGGGCGTTATGGCTGCGGGTCGCTCAGTACGGCTGGACTGTCGACCGCTTGCAGGGCGTGCTGGCGG‑TG‑CT‑GGTGTTACTGGTGTGGTCGCTGGGGTATTTTGTC‑AGCAT‑CGTCTGG‑CGTAAA‑GGGCAAAATCCCGTTGTTCT‑TCAGGGCAAAGTGAACCTTGCGGTTTCGTTATTGGTGTTGGTGATACTGGTGCTTCTTAATTCGCCGGTGCTGGACAGTATGCGCATTAGCGTGAACAGCCATATGGCGCGTTATCAGAGCGGCAAAAACACGTCAGACCAGGTAACTATCTACATGCTCGAGCAGAGCGGTCGCTATGGACG > NC_007779/4108729‑4109205 | gCTGTTGACGCTGGCCTTTTTGCAATTGATCTTAATGGCTATTGTCCGCGATCCGCAAAAAGCGTCACTTCCCTGGACAGGGCCGTTGCGTTGCCTGATTAAAACCGCTTTGCTGGTTGCTCCGCTGTATGTGTTCGTCGCCGCCTGGGCGTTATGGCTGCGGGTCGCTCAGTACGGCTGGACTGTCGACCGCTTGCAGGGCGTGCTGGCGG‑TG‑CT‑GGTGTTACTGGTGTGGTCGCTgg < 1:2115429/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |