| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,262,217 | A→C | 9.2% | T296P (ACC→CCC) | dinF → | MATE family efflux transporter DinF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,262,217 | 0 | A | C | 9.2% | 535.7 / 5.9 | 191 | T296P (ACC→CCC) | dinF | MATE family efflux transporter DinF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/58); new base C (2/20); total (106/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAGTTGCTGGATGTCTGGCGGGCAGCGTGCCGCCAGTCGGGGATCGTAGCGTTACTGTTTTCGGTGGTTTATTTGCTGGCTGGGGAACACATCATTGCGTTACTGACGTCGTTAACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTA > NC_007779/4261979‑4262448 | aCATTGGTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACGACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTTTCGCTGTTAACGGGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTAc < 2:507859/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |