| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 386,930 | A→G | 9.0% | I246V (ATC→GTC) | tauC → | taurine ABC transporter permease TauC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 386,930 | 0 | A | G | 9.0% | 419.8 / 4.1 | 152 | I246V (ATC→GTC) | tauC | taurine ABC transporter permease TauC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/99); new base G (16/2); total (50/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGGATTACGTATTGGTCTGGGGGTGGGCTGGTCTACGCTGGTGGCGGCGGAGCTGATTGCCGCGACGCGCGGTTTAGGATTTATGGTTCAGTCAGCGGGTGAATTTCTCGCAACTGACGTGGTGCTGGCGGGGATCGC‑GGTGATTGCGATTATCG‑CCTTTC‑TTTTAG‑AA‑CTGGGTCTGCGCGCGTTACAGCGCCGCCTGACGCCCTGGCATGGAGAAGTACAATGAGTGAACGTCTGAGCATTACCCCGCTGGGGCCGTATATCGGCGCACAAATTTCGGGTGCCGACCTGACGCGCCCGTTAAGCGATAATCAGTTTGAACAGCTTTACCATGCGGTGCTGCGCCATCAGGTGGTGTTTCTACGCGATCA > NC_007779/386693‑387167 | aGCGTGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGGATTACGTATTGGTCTGGGGGTGGGCTTGTCTACGCTGGTGGCGGCGGAGCTGATTGCCGCGACGCGCGGTTTAGGATTTATGGTTCAGTCAGCGGGTGAATTTCTCGCAACTGACGTGGTGCTGGCGGGGAt < 1:1985571/239‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGGATTACGTATTGGTCTGGGGGTGGGCTGGTCTACGCTGGTGGCGGCGGAGCTGATTGCCGCGACGCGCGGTTTAGGATTTATGGTTCAGTCAGCGGGTGAATTTCTCGCAACTGACGTGGTGCTGGCGGGGATcgc‑g > 1:681917/1‑239 (MQ=255) tGCAGCAGGTTCGCATTCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTCATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCGGATTACGTATTGGTCTGGGGGTGGGCTGGTCTACGCTGGTGGCGGCGGAGCTGATTGCCGCGACGCGCGGTTTAGGATTTATGGTTCAGTCAGCGGGTGAATTTCTCGCAACTGACGTGGTGCTGGCGGGGAGcgc‑g > 2:1668155/1‑239 (MQ=255) cttCGTGCCGCCCAGTCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGCAGGTGCTGTGGTTTGTTATTTTGCCCGGTGCGCTGCCGGAAATCCTCACCTGTTTACGTATTGGTCTGGGGGTGGGCTGGTCTACGCTTGTTGCGGCGGAGCTGATTGCCGCGACGCGCGGTTTAGGATTTATGGTTCAGTCAGCGGGTGAATTTCTCGCAACTGACGTGGTGCTGGCGGGGATCGC‑GGTGATTGCGATTAt < 2:1984006/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |