Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 4,527,463 | T→G | 11.5% | T438P (ACC→CCC) | Y75_RS22420 ← | xylonate dehydratase YjhG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,527,463 | 0 | T | G | 11.5% | 562.7 / 9.2 | 210 | T438P (ACC→CCC) | Y75_RS22420 | xylonate dehydratase YjhG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/97); new base G (28/2); total (110/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑TTTTGCTTGCTGCGGAGACATGA‑TCACTTCGTCAGCGTTGATTTGTTCCTGATCGAGCAGGAGTTGCTTGAACCGCTGACGCCGTTCGGAGTGCTCCCACCAGTCGAGGTTTTCTTTCAGCGTGCTGCCGGTAACCGTCATAACGTCTTCATGCAACAATCCGAGGCTGCGCAGATGCAACATGACTTCCGGCACACCACCTGCCATAA > NC_007779/4527226‑4527696 | gTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGGGGGTTTGGTTACCGAACCTTCTTGCGCAAACTTACCCCCCggggaggggag > 2:2139176/1‑238 (MQ=255) aacTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACTCCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTTCCCACCGGGAAGGTGATAGt < 1:1338928/237‑1 (MQ=255) aCCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAAACTTCTTGCGCAATATTTCCCACCGGGAAGGGGGTAGt > 2:630222/1‑239 (MQ=255) gTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAgg > 1:168857/1‑239 (MQ=255) tcCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCCGGCGCAATATTTCCCACCGGGGAGGTGATAGTTGAGGTTAATCcgc > 2:730669/1‑238 (MQ=255) ccATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGGGATAGTTGAGGTTAATCcgcgc > 1:1856717/1‑239 (MQ=255) tCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑t > 2:877613/1‑239 (MQ=255) tCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑t > 1:1437263/1‑239 (MQ=255) tCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑t > 1:1533805/1‑239 (MQ=255) cccTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGGGATAGTTGAGGTTAAt > 1:1314747/1‑229 (MQ=255) gTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑tttt > 1:278812/1‑237 (MQ=255) tACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGt < 1:1183060/214‑1 (MQ=255) tACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCAGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGt > 2:1183060/1‑214 (MQ=255) gAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGCTCACCGAACCTTCTTGCGCAATATTGCCCACCGGGGGGGGGATAGTTGAGGGTAATCCGCGCGC‑TCTtgcttgct > 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ataatGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCTCCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑TTTTGCTTGCTGCGGGGACATGA‑ta > 1:1274283/1‑236 (MQ=255) gACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑TTTTGCTTGCTGCGGAGACATGA‑TCACTTCGt < 1:1477399/239‑1 (MQ=255) aCCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGGTCACCCAAACTTTTGGCGCCATATTTCCCACCGGGGAGGTGATTTGTGAGGTTAATCCCCGCGC‑TTTTTCTTTCTGCGGAGACATTA‑TTCCTTCGtt > 2:156480/1‑238 (MQ=255) cccgccTTGATCTTGTCATGTTTGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTGGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGt > 2:1362210/1‑176 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tttGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTCGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑TTTTGCTTGCTGCGGAGACATGA‑TCACTTCGTCAGCGGTGATTTGTTCCTGGTCGCGCCGGAGtt > 1:694232/1‑239 (MQ=255) tGATATCGTAAATCGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACCTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTTATCACCGAACCTTCTGGGGCAATATTGCCCACCGGGGAGGTGATTGTTTGGGGTTATTCGCGCCC‑TTTTGCTTCCTGCGGAGACAAGA‑GCTCCTCTGCAGCGGTGTTTTTTTCCTGATAGAGCAGGAttt > 2:1206890/1‑237 (MQ=255) cGCACTTTTCTCGGACAGATAAACCTTCGCCACACTTTTATGGTAATAGATACCTTGCTCATCAATCATCGAGGGGTCAATGGCGGTGGATTTGATCACCGAACCTTCTTGCGCAATATTGCCCACCGGGAAGGTGATAGTTGAGGTTAATCCGCGCGC‑TTTTGCTTGCTGCGGAGACATGA‑TCACTTCGTCAGCGTTGATTTGTTCCTGATCGAGCAGGAGTTGCTTGAACCGCTGAc > 2:408407/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |