| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 396,785 | A→C | 6.3% | N308T (AAC→ACC) | sbmA → | peptide antibiotic transporter SbmA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 396,785 | 0 | A | C | 6.3% | 553.4 / 2.2 | 187 | N308T (AAC→ACC) | sbmA | peptide antibiotic transporter SbmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/74); new base C (2/12); total (96/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTGCAGGTCGATAACGTTTTCGGTTTGTTCTTGCTGTTTCCGTCAATTGTTGCCGGTACGATTACGCTCGGCCTGATGACGCAGATTACCAACGTTTTTGGTCAGGTTCGCGGTGCTTTCCAGTACCTGATTAACTCATGGACCACACTGGTTGAGTTGATGTCTATCTACAAACGTCTGCG > NC_007779/396547‑397022 | tgCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCATACGGTACGCGCGCTGTTTAGCGCCGGACGGAAAAACTAt > 2:278118/1‑239 (MQ=255) 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cAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTAt > 1:2165376/1‑239 (MQ=255) actggtgtGGTCGTGGGTGGGGGCGGGATTGCGGGCATTGGGAGGGATCAACCTGCGGGGGCTGGA‑GTTTAAAACCCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGAAAAACCTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTAtt < 2:1442015/232‑1 (MQ=255) ctcttGGTCGCTGAGGGGGACCGGATTGCGGGGAGTGGTAGGGATCAAACTGCGGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTGGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTg < 2:1186951/234‑1 (MQ=255) tGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCATCGTGTAGAGGCTTCCTACCGTAAAGTGCTGGTTTATGGGGAAGACGAAGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGGAAGCCGGCTTGTTAGCCCCGCACTGAAAAAATTTTCCCGCCTCTATTTTCCCTatat > 2:1840423/1‑196 (MQ=255) aTGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGGGATCAAACTGCCGGGGCTGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCTGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAAACTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTGCAGGTCGATAACGt > 2:776873/1‑239 (MQ=255) gggACCGGAGTGCTGGGAGTGGTAGGGAGAAAACGGGCGGGGGGGGA‑GTTTAAAAACCAGCGTGTAGAGGCGGCCTACCGTAAAGAGCTGGTTTATGGTGAAGACGATGCCACGCGCGCGACGCCGCCTACGGTACGCGAGCTGTTTAGCGCCGTACGGAAAACCTATTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTGCAGGTCGATAACGttt < 2:1614967/238‑1 (MQ=255) gtgtaaaaagacAGGGGTAGGG‑TCCAACCACCCGGGGTGGAGGTTTAAAACCCAGTGGTAAGAGGTTGCCTACTGTAAAGAGCTGGTTTAGGGGGAAGGCGAGGCCAGGCGCGCGACCCCGCCTCCGTTACGCGAGCTGTTTAGCGCGTTACGGAAAACCTTTTTCCGCCTCTATTTTCACTATATGTATTTCAACATCGCCCGCATTCTCTATTTGCAGGTCGATAACGTTTTCGGtt < 2:563363/228‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |