| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 421,445 | G→T | 7.9% | L412L (CTG→CTT) | proY → | proline‑specific permease ProY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 421,445 | 0 | G | T | 7.9% | 384.4 / 2.7 | 133 | L412L (CTG→CTT) | proY | proline‑specific permease ProY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/98); new base T (10/2); total (32/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGG‑‑GTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGA‑TTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCG‑CTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCT‑GGATGTTTAAACGCCGCCACG‑ATCGTCAG‑CTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCG‑TTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGAT > NC_007779/421208‑421682 | tACGTTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGG‑‑GTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTg < 2:228959/238‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |