Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 421,455 | A→T | 9.8% | I416F (ATC→TTC) | proY → | proline‑specific permease ProY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 421,455 | 0 | A | T | 9.8% | 409.8 / 6.3 | 137 | I416F (ATC→TTC) | proY | proline‑specific permease ProY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/106); new base T (13/2); total (29/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGA‑TTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCG‑CTGTATGTCGGTTTCGCGTGGA‑TTG‑TTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAG‑CTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_007779/421220‑421690 | tgaCTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCggg < 1:1861292/239‑1 (MQ=255) 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cTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCGCGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGGTTTTCCTGCTCTTTATTATTGGGTTGG‑TTGGGTTTCACCCGGATACGCGGATCTCg > 1:336438/1‑238 (MQ=255) cTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGA‑TTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCG‑c < 1:1252866/239‑1 (MQ=255) cTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGCGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGGTTTTTCTTCTCTTTATTATAGTGGTGT‑CTGGTTATTACCCCGACACCCGTAtctc > 1:1276016/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |