| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 487,626 | A→C | 8.6% | T623P (ACC→CCC) | mscK → | mechanosensitive channel MscK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 487,626 | 0 | A | C | 8.6% | 482.2 / 6.0 | 165 | T623P (ACC→CCC) | mscK | mechanosensitive channel MscK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (99/47); new base C (2/16); total (102/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CGACAGCCAGCTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTACCGTGCTGTCGAT > NC_007779/487388‑487861 | cGACAGCCAGCTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑a < 1:1363565/239‑1 (MQ=255) cTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATTCGTGCGCTGCCGGTGAGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCCGGCTGGTGTTTGGCTTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGAGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACCGCAG‑ACAAACCATTg > 2:473517/1‑239 (MQ=255) cacacCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTc > 1:1298862/1‑239 (MQ=255) acCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGc > 1:981044/1‑239 (MQ=255) cAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCaa > 2:1326686/1‑239 (MQ=255) aTCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTcc > 2:685144/1‑238 (MQ=255) cTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCAt < 1:564226/239‑1 (MQ=255) cTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCAt < 1:1768090/239‑1 (MQ=255) gcgcgcgcgggTGTCCCTGATCATTCCCGCTGTTGGCCTGAGTCTGTTGACCATGAGGCTCACCTGCAGCGAATTGGTTGGGTGTTTCAGAAAAAAATTGGCGTAATTTGGGTTGTTGTTTGGCTTATGCTGGAG‑GGTACTGGAAAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCTCTTCGGCAGGCCGGAACAGCAG‑CCCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATtgctgc < 2:276602/230‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGCCCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCCCTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATtgctgc < 1:1526945/238‑1 (MQ=255) 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tcGCGGTTGCCTTGATTCTATTGACCATCCACTACATAATCGAGGAACTGCTATGGTCGTGCGAAAAAAACCGGGTGATATTCCGGCTGGGTTTTAGCTTTTGCTGAGA‑GGTCTGGGAAAAAAACGGCGTTGCCGTCCGTCCTTCCGGCATCCCGGAACAGCCG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCa < 2:1201000/239‑1 (MQ=255) cgGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGa > 1:229886/1‑238 (MQ=255) tGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑Ac > 2:1788724/1‑154 (MQ=255) tGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑Ac < 1:1788724/154‑1 (MQ=255) tGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAG‑ACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCg < 1:88952/239‑1 (MQ=255) tGATTCTGTTGACCAGGCAGCTCACCATCCGGGAGCTGTTATGGTGGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTGGGCCTGTGCTGGAA‑GGTACTGGAGAAAAACGGCTTTGCCGTACGTCTCTTCGGCAGGCCGGAACATCAG‑CCCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCg < 2:750227/239‑1 (MQ=255) gtttGACCATCCGGTTCACCATACGGCAACTGCTGTGGTCGGTCAGAAAAAAACTGGCGTTTTTCGGCCTGGTGTTGGGCCTGTG‑TGGAATGGTCCGGGAAAAAGCGGGCGTTGCCGTCCTTCCCTTCGGCATGCCGCACCA‑CAGCCCCAGCCACTGGTGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCAt < 2:839795/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |