Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 82,766 | A→G | 12.0% | L255P (CTC→CCC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 82,766 | 0 | A | G | 12.0% | 350.4 / 5.5 | 139 | L255P (CTC→CCC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/84); new base G (13/5); total (50/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ACGCCCCGAACGAGAGGTCAGATTCAGCTGGATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTGCGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTT‑GCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGG‑CTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGC‑GGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCC‑ATG‑ATG‑ACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAG‑TGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCA > NC_007779/82528‑83003 | aCGCCCCGAACGAGAGGTCAGATTCAGCTGGATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTGCGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTT‑GCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGG‑CTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGC‑GGTGTGGACGTTga < 1:1629046/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |