| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 622,087 | A→T | 7.1% | T189S (ACC→TCC) | entS → | enterobactin transporter EntS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 622,087 | 0 | A | T | 7.1% | 395.1 / 3.3 | 158 | T189S (ACC→TCC) | entS | enterobactin transporter EntS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/68); new base T (8/4); total (76/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGT‑TGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGC‑AGG‑ATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTC > NC_007779/621855‑622309 | caTCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAGTGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGGCACCTGCAGTGTTAGGGCGTGAAACCTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGGCCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTAc < 2:762584/238‑1 (MQ=255) ggTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGGACGGTTTTTACCTTGCGACCGTTGGTAAGGCt > 1:812055/1‑239 (MQ=255) ggTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGGTTATTGCTGGCGAACGGTGGGGTAGCCCGGGACGACGGGGC‑GGGGGCGGCCGGGCGCG‑TTGTTAACCTGCTCCCGTTGTTTAGccg > 2:962218/1‑238 (MQ=255) gTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCt > 1:465566/1‑238 (MQ=255) gTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCt > 1:1851687/1‑238 (MQ=255) gTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGGTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGGTGTTAAGTCtt > 1:764970/1‑239 (MQ=255) tttATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGC‑GGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCT‑GGCGGCGG‑CGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCtt < 1:61516/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |