| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 629,465 | A→G | 8.3% | M117V (ATG→GTG) | cstA → | carbon starvation protein CstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 629,465 | 0 | A | G | 8.3% | 594.5 / 5.5 | 223 | M117V (ATG→GTG) | cstA | carbon starvation protein CstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/139); new base G (22/2); total (80/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTT‑GCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGG‑CCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCT‑GGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCC‑GGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCA‑ACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATAT > NC_007779/629229‑629698 | tGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTT‑GCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGG‑CCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCT‑GGCTGCTCGc < 1:279405/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |