Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 659,182 | T→G | 8.4% | pseudogene (730/788 nt) | Y75_RS03250 → | deaminated glutathione amidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 659,182 | 0 | T | G | 8.4% | 292.9 / 3.0 | 115 | pseudogene (730/788 nt) | Y75_RS03250 | deaminated glutathione amidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/49); new base G (10/2); total (63/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGCGCCGCCGCAATTATTATGATGTTTTTTTACTCGGCGCTTGATTCACCTTGTTACAGATTGCTATTGTGTGCGCGCGTCGAATGACCGTTAATATTCTCTGGTTTTTAAGGCGCGTTCTGTTGCCGGTTATATGTCAAGAAGGTATCTATGGGTGAGATTAGTATTACCAAACTGCTGGTAGTTGCGGCGCTGGTCG > NC_007779/658949‑659417 | ccTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcg < 2:1134572/239‑1 (MQ=255) ggTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGGgcgcgcgc > 1:1234627/1‑239 (MQ=255) tccttcgtccTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGc < 2:24311/231‑1 (MQ=255) gccgccTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGGGCGCGCGCAACTGCCCg > 1:217910/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |