| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,306,094 | G→T | 9.6% | V183L (GTG→TTG) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease OppC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,306,094 | 0 | G | T | 9.6% | 468.2 / 4.0 | 147 | V183L (GTG→TTG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease OppC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/101); new base T (13/3); total (43/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CTCATGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGC‑GTGGGCAAACCCTGAGTCT‑GAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACAT‑CGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGC > NC_007779/1305860‑1306330 | ctcaTGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTTGCTGGATATGGCTCGTATTGTGC‑g < 1:2163049/239‑1 (MQ=255) aTGGTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACCCTTTATGGTTCGCCTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGGGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGTCTCGTATagttggtgt > 2:1960134/1‑233 (MQ=255) ggTCGGTGTTGCTGCGGCACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGC‑GTGGGc > 2:1544231/1‑239 (MQ=255) ggTCGGTGTTGCGGCGGCACGGGTGGCTGTGGTCGTCGGGCCACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTCAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCACCTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCCTTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCCGCTGATTTTCGTGGCGCTAGGCATGGTTTCCCGGCCGGAGATGGCTCGTCTtggtgggttg > 2:387864/1‑230 (MQ=255) 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tgGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCGTGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTTTGC‑GTGGGGAAACCCTGAGGCT‑GAAGCGCAAAGAGatt > 1:195375/1‑239 (MQ=255) tgGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGC‑GTGGGCAAACCCTGAGTCT‑GAAGCGCAAAGAGttt > 1:2048295/1‑239 (MQ=255) tgGCCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTTTGC‑GTGGGCAAACCCTCAGTCT‑GAAGCGCAAAGGGttt > 1:2071800/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |