| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 1,327,725 | A→G | 11.3% | G422G (GGA→GGG) | Y75_RS06660 → | DUF2207 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,327,725 | 0 | A | G | 11.3% | 411.5 / 8.1 | 154 | G422G (GGA→GGG) | Y75_RS06660 | DUF2207 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/86); new base G (18/2); total (65/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GGTATTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGTCCTGTAGGCT‑GGGCAGGAATGAGTCTGGTGGGCGATATGTTTATTATGATCTGCTGGATTATTC‑CTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTATTCTCTCTACATCAATGTCGGAGATGTATTCTTTTACTGGTATATGCCAGCGGGTTATTTTACCGCTGTTTGCCTGA > NC_007779/1327488‑1327963 | aTTACTGCCCGCAGAGCAGTTATTACTGGAAGCGTTATTTCGTAAAGGCGATAAGGTCGTTCTTACGGGGAGACGCAACAGAGTCTTACGCAGGGCATTTTTACGGATGCAGAAATTTTATCTGCCGCGTAAAAAGTCTTCGTTTTACCGGTCTGATACTTTTTTGCAATGGGGTGGACTGGCAATATTGGCGGTCATTCTTTACGGTAACTTGAGTCCTGTAGGCT‑GGGGAGGAATGa > 1:74995/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |