| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 1,971,688 | A→C | 16.7% | G337G (GGT→GGG) | tap ← | methyl‑accepting chemotaxis protein IV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,971,688 | 0 | A | C | 16.7% | 356.4 / 11.3 | 141 | G337G (GGT→GGG) | tap | methyl‑accepting chemotaxis protein IV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/30); new base C (2/29); total (81/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GCCCTTTGATCTCTTTTGCTGCCTGCGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGATGCCGCCTGCTGTTCGGTACGACTTGAGAGATCGTTATTGCCTGCGACAATCTCCGCGATA‑CCAAT‑GTGCATCTCCTGGCTTCCCTTACGCACATCACTTACCGTCC > NC_007779/1971453‑1971917 | gCCCTTTGATCTCTTTTGCTGCCTGCGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACAcc > 2:1459715/1‑238 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ctgcctgcGCGCAACGGCTCGCAATCTTTCGCACGTCACCGGCCACTACCGCACCACCACCCGCCTGCTATACACCTCTAGCCGCTCCCACGGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTTGCGA‑TCTCCTGCATGGTTTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTggc > 2:1689081/1‑237 (MQ=255) cctgcGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCACTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTTTcgcg > 1:1162874/1‑239 (MQ=255) cctgcGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTCGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg > 2:1443747/1‑239 (MQ=255) tgcGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCgg > 2:118795/1‑238 (MQ=255) tgcGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCgg > 2:22015/1‑238 (MQ=255) tgcGCGCTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCACCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAAGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTACGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCCTGGTCCTGAACTGAACCCCGCCCGACTGCCCCGTTTTcgcga > 2:1503755/1‑237 (MQ=255) cgcgcTACGGCTGGCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAt > 1:1722108/1‑239 (MQ=255) ggCAAGATTGCGCACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCCTCCACAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGTGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGGGTGCGTCATGGTACCTACCTGAACACCGCCCGCCTCCGCCGTTGGCGCGGTATTTTTTGCCAGt > 2:707947/1‑238 (MQ=38) cgcACTTCACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACg > 1:1003574/1‑235 (MQ=255) cACCTGCCACTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCg > 1:1350026/1‑239 (MQ=255) aCTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGc > 2:364655/1‑239 (MQ=255) aCTACCGCAAAACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGc > 2:885082/1‑239 (MQ=255) 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1:1254666/187‑1 (MQ=255) gCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGc > 2:1254666/1‑187 (MQ=255) gCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGtt > 1:1141323/1‑239 (MQ=255) gCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGA‑TCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGtt > 2:190704/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |