Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,986,321 | T→C | 13.2% | S296G (AGC→GGC) | Y75_RS10005 ← | arabinose ABC transporter ATP binding protein AraG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,986,321 | 0 | T | C | 13.2% | 259.6 / 2.6 | 109 | S296G (AGC→GGC) | Y75_RS10005 | arabinose ABC transporter ATP binding protein AraG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/69); new base C (9/8); total (30/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACCGTTGTTGATTACACAACCGCCGAGCACATGTTTACGTCTGGCACTGATGTTGATATTGTCGCGAACGGAGTGCACGGGAATAATGCCTTCCGCTTTGCGATCTTCCGGGCAGAGCAT‑CATGCCTGCGGCAATGGCGTGGCTCGGTTTACGAATATCGATCGGCTGTTGGTCGATATAAACCTGACCGGC‑GGTGATTTGCGTCCCGCC‑AAACATG‑CC‑TTTCATTAATTCGCTACGCCCCGCCCCTACCAGACCAAA‑CA‑GCCCAACAATTTCACCACTGCGAACCGCCAGACTTATTGGCGTACGCACGCCTGGTG‑CTTTCACAGCATCAAGACGTAGGCGCTCCTCGCCATAACTACGCGGTTGCCAGCCGTAGATATCGCCAATGTCGCGCCCGACCATCGCCTGCACCAGCGCGTCGTGGTCAACCTGCTGCATATCGGTAAAGGTTTTGACATAACGTCCA > NC_007779/1986088‑1986553 | cccGTTGTGAATTCCACAACCGCCGGGCACATGTTTACGTCTGGCCCTGATTTTGATATTGTCGCGAACGGAGTGCACGGGAATAATGCCTTCCGCTTTGCGATCTTCCGGGCAGAGCAT‑CATGCCTGCGGCAATGGCGTGGCTCGGTTTACGAATATCGATCGGCTGTTGGTCGATATAAACCTGACCGGC‑GGTGATTTGCGTCCCGCC‑AAACATG‑CC‑TTTCATTAATTCGCTAcgcc < 2:488988/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |