| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,312,466 | C→T | 5.5% | T70T (ACG→ACA) | alkB ← | DNA oxidative demethylase AlkB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,312,466 | 0 | C | T | 5.5% | 396.6 / 2.0 | 144 | T70T (ACG→ACA) | alkB | DNA oxidative demethylase AlkB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/69); new base T (6/2); total (72/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CCAGAGAAACAGAAACAATTGGCGCGCGCAGATCCGGTTCGTCTTTATCCTGATGCAGCGACAGTTTCGCGCCAGGAGCGTAGCGGTTGATAAGACAAGCATCTGGCTGGAAATCTGGATAGCCCGCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGG‑CCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTG‑CCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATG‑CCCACAGTTG‑GTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCT‑GGCAACGTCATTAATAT‑CGCGGATCAGTTGCTCC‑GCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCAGCATCGGCAAACAGATCCAACATTACCTCTCCTCATTTTCAGCTTCGCGG > NC_007779/2312231‑2312702 | agaaacagaaacAATTGGCGCGCGCAGATCCGGTTCGTCTTTATCCTGATGCAGCGACAGTTTCGCGCCAGGAGCGTAGCGGTTGATAAGACAAGCATCTGGCTGGAAATCTGGATAGCCCGCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGG‑CCACGGTTTATTTGTTTTCGGATCAATGGGGCAATAGAGATAAACTTT‑GCGATGGGGCCTCCac > 1:1599700/1‑237 (MQ=255) agaaacagaaacAATTGGCGCGCGCAGATCCGGTTCGTCTTTATCCTGATGCAGCGACAGTTTCGCGCCAGGAGCGTAGCGGTTGATAAGACAAGCATCTGGCTGGAAATCTGGATAGCCCGCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGG‑CCACGGTGTATTTGTTTGCGGATCCATGGGCGAATAGAGATAACCTTG‑CCGATGGGTCGTCCat > 1:1953476/1‑237 (MQ=255) aacagaaacaATTGGCGCGCGCAGGTCGGGTTCGTCTTTATCCGGATGCAGGGACAGTTTCGCGCCAGGAGCGTAGCGGTTGATAAGACAAGCATGTGGCTGGAAATCTGGATAGCCCGCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGG‑CCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTG‑CCGATGGGTCGTCCAGcc < 2:1587588/237‑1 (MQ=255) aacagaaacaATTGGCGCGCGCAGATCCGGTTCGTCTTTATCCTGATGCAGCGACAGTTTCGCGCCAGGAGCGTAGCGGTTGATAAGACAAGCATCTGGCTGGAAATCTGGATAGCCCGCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGG‑CCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTG‑CCGATGGGTCGTCCAGcc < 1:2001693/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |