| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,660,496 | A→T | 100% | C98S (TGC→AGC) | iscR ← | Fe‑S cluster assembly transcriptional regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,660,496 | 0 | A | T | 100.0% | 919.0 / ‑6.7 | 251 | C98S (TGC→AGC) | iscR | Fe‑S cluster assembly transcriptional regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/118); minor base G (0/2); total (131/120) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
AGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCATTTTTACGCAGACGGGAAAACAGTTGTTCCAGATAAGAAAGGGAAATTCCCTGACGTTCGGAAATATCAGCCAACGGTACCGGGCCCGCTTCA > NC_007779/2660261‑2660725 | aGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTgc < 2:1118625/238‑1 (MQ=255) tATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTgccg > 1:1674727/1‑238 (MQ=255) tttAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGCCCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCATGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCt < 1:1970584/239‑1 (MQ=255) tCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCt < 2:619486/231‑1 (MQ=255) tCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCTTTACCCTg > 2:1538538/1‑239 (MQ=255) tCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCTTTACCCTg > 1:1980962/1‑239 (MQ=255) tCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAA‑CCAGTTCGCCTAAAGTAATG‑TTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGAGTGAGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCTTTACCCTg > 2:1559004/1‑239 (MQ=255) 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NC_007779/2660261‑2660725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |