| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 359,586 | T→G | 18.9% | V133G (GTG→GGG) | cynX → | cyanate transporter CynX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 359,586 | 0 | T | G | 18.9% | 232.5 / 8.6 | 97 | V133G (GTG→GGG) | cynX | cyanate transporter CynX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/54); new base G (18/3); total (40/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACAC‑TCGCCTGGTGGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCTCTTTGCCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGT > NC_007779/359353‑359821 | tACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATg < 1:1777796/238‑1 (MQ=255) tGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGGGATGGGGCtg > 1:1573280/1‑239 (MQ=255) ggcTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTTCGCAGCGCACGCCACTGGGGATGGGGGTGTgggc > 2:645592/1‑236 (MQ=255) gctggcgctggcCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCCGCGCACGCCACTGGGGGTGGGGCTGTgggtc > 1:1175845/1‑235 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACAC‑TCGCCTGGTGGGCGCTGCCTGTCGTTGTTGCGCTCTTTGCCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGt < 1:1036599/238‑1 (MQ=255) ttAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACAC‑TCGCCTGGTGGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCTCTTTGCCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGt < 1:1270341/238‑1 (MQ=255) ttAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGGGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACAC‑TCGCCTGGTGGGCGCTGCCTGCCGTTGTTTCGCTCTTTGCCTGGTGGGGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTg > 1:420685/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |