Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 2,362,339 | C→A | 10.2% | Q256K (CAA→AAA) | Y75_RS11795 → | ISNCY family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 2,362,339 | 0 | C | A | 10.2% | 464.8 / 3.9 | 154 | Q256K (CAA→AAA) | Y75_RS11795 | ISNCY family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/60); new base A (3/16); total (78/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
ACTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGT‑ATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCAT > NC_007779/2362104‑2362571 | aCTGATTCAAAAGCATATTCGCGACCGCGATTTAATCGGCATGGTCGACAGGATCACCACGCTTTTGGTTAGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCaaa > 1:1611025/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |