| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 99,078 | A→T | 9.1% | I226F (ATC→TTC) | ftsW → | cell division protein FtsW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 99,078 | 0 | A | T | 9.1% | 394.7 / 4.5 | 140 | I226F (ATC→TTC) | ftsW | cell division protein FtsW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/71); new base T (12/2); total (63/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGT‑GTTGCTGATACT‑CGCCGAACCGTACCGTATCCGCCGTGTTACCGCATTCTGGAACCCGTGGGAAGATCCCTTTGGCAGCGGCTAT‑CAGTTAACGCAATCGCTGATGGCGTTTGGTCGCGGCGAACTTTGGGGGCAAGGTTTAGGTAACTCGGTACAAAAACTGGAGTATCTGCCGGAAGCGCACACTGACTTTATTTTCGCCATTATCGGCG > NC_007779/98840‑99315 | ccAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTa < 1:191934/239‑1 (MQ=255) gCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTTATTGCCATTATCg > 1:1812365/1‑239 (MQ=255) ccTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GGTCATTGCCATTATCgg > 1:623610/1‑239 (MQ=255) cTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGt > 1:329391/1‑239 (MQ=255) gCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGTAt < 1:86807/239‑1 (MQ=255) cGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTCTCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGGGCGCAATTGTGGCG‑GTTGATTTCCCTCATCGGTAtt > 2:660256/1‑238 (MQ=255) cTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGt < 2:679514/231‑1 (MQ=255) 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tGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGT‑GTTGCTGAt < 2:120370/239‑1 (MQ=255) tGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGT‑GTTGCTGAt < 1:1528382/239‑1 (MQ=255) gCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGGAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCA‑GTTCATTGCCATTATCTGTATGGGCAGTTCAGCGGTTGT‑GTTGCTGATa < 2:1334912/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |