| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,797,637 | C→A | 18.0% | intergenic (‑486/‑183) | stpA ← / → alaE | DNA‑binding protein StpA/L‑alanine exporter AlaE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,797,637 | 0 | C | A | 18.0% | 185.4 / 2.8 | 70 | intergenic (‑486/‑183) | stpA/alaE | DNA‑binding protein StpA/L‑alanine exporter AlaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/17); new base A (2/12); total (41/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAAAATGCAATATAACAGAATAAAAGAAAACATCCATCACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAGCATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGT > NC_007779/2797406‑2797875 | tAAAAATGCAATATAACAGAATAAAAGAAAACATCCATCACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTAc > 1:1675052/1‑239 (MQ=255) 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atcACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCAAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCAATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGAAGTTACGGAAAAATTTAACTAGaaa > 2:1295524/1‑239 (MQ=255) ttCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATg < 1:1348218/188‑1 (MQ=255) ttCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATg > 2:1348218/1‑188 (MQ=255) aTGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGCCCCAGCTACTACATACCCCGATTTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTATTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCAATTTGTTTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAATTCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTa < 1:906834/208‑1 (MQ=255) 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> 2:896426/1‑239 (MQ=255) ctttACCTCCCCCCCAAACTTTCAATAGTGAAATAAAAGGTAAGGCCAAATCTAATTGATTTAATAAAAAAAAATTCATAGCGACATGTAAAAATCCACAATGTAAAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCAt < 2:1361292/237‑1 (MQ=255) gTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCa > 1:637674/1‑237 (MQ=255) aCCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATgag > 1:1829987/1‑220 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |