Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,764,886 | G→C | 8.7% | S31C (TCC→TGC) | Y75_RS18670 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,764,886 | 0 | G | C | 8.7% | 965.9 / 35.4 | 311 | S31C (TCC→TGC) | Y75_RS18670 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/138); new base C (2/26); total (146/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
TTTCCCCGCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAATTCAACTTCATGATTAATCCTTTAAACGAGTAGCTAAGCCGTTGAAAGCATACTCTTCTTTCCCTCCTGTTTAGCGCCTGATATCCCTTTTCAGATTTCTGCCCGACGCATGTCATTTTTTTATGCATTGTTCTTTTTGTGATCTAAATTGTAGTACA > NC_007779/3764651‑3765124 | tttCCCCGCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGaa > 1:131196/1‑238 (MQ=255) 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cATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTaa > 1:77904/1‑239 (MQ=255) aTCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGTGGTCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTa < 1:625027/237‑1 (MQ=255) tCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAACCTTTTGTTCCATTACTATCGTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGACACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGTAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGACAGCATTAAAAAACCTCTTaa > 2:1220620/1‑237 (MQ=255) 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TTTCCCCGCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAATTCAACTTCATGATTAATCCTTTAAACGAGTAGCTAAGCCGTTGAAAGCATACTCTTCTTTCCCTCCTGTTTAGCGCCTGATATCCCTTTTCAGATTTCTGCCCGACGCATGTCATTTTTTTATGCATTGTTCTTTTTGTGATCTAAATTGTAGTACA > NC_007779/3764651‑3765124 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |