Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,764,893 | G→C | 8.0% | L29V (CTG→GTG) | Y75_RS18670 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,764,893 | 0 | G | C | 8.0% | 955.1 / 25.8 | 320 | L29V (CTG→GTG) | Y75_RS18670 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/153); new base C (3/24); total (143/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAATTCAACTTCATGATTAATCCTTTAAACGAGTAGCTAAGCCGTTGAAAGCATACTCTTCTTTCCCTCCTGTTTAGCGCCTGATATCCCTTTTCAGATTTCTGCCCGACGCATGTCATTTTTTTATGCATTGTTCTTTTTGTGATCTAAATTGTAGTACAACAATAT > NC_007779/3764658‑3765131 | gCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGGTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCGGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGc < 2:1455064/239‑1 (MQ=255) cAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATa < 1:1766966/239‑1 (MQ=255) aaaTCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATAc < 2:419071/239‑1 (MQ=255) aaaTCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATAc < 1:1221426/239‑1 (MQ=255) 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cTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAAt > 2:28293/1‑239 (MQ=255) cTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCACTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTAGCCTGCGATAGCCAAGTGATGGTGTCTCACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTAGGGGCAACCACAGTATACGAGATACATCCTTATATCATTACCGCTATTGGGATAACACCATCAGCCTTACAAAATCCTTTaaa > 2:515992/1‑237 (MQ=255) ttAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTTCTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTTTTTTCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAAtt < 1:937267/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |