| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,775,819 | A→G | 6.2% | L233P (CTC→CCC) | Y75_RS18730 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,775,819 | 0 | A | G | 6.2% | 836.2 / 3.7 | 257 | L233P (CTC→CCC) | Y75_RS18730 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/176); new base G (19/2); total (78/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GTTGGCATTCTGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCACTGAATAATTCAAAAACTCCCCGCTCTCGCTATATGAC‑AACGAGGTGATCCGCAGCAGTGGCGTGTGTTCCGCTACCTTCATTTGCCGCGCCAGCAGTCTATCGGCGAGCACTGGCGTCAGGCTTTCATAATTACCGCCAATCAAAATCCCGCACTCTTGTTCAATATATTCAAACTTCGACCCTT > NC_007779/3775582‑3776056 | gTTGGCATTCTGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAg < 1:877030/239‑1 (MQ=255) ttCTGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGt < 1:509513/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTaaa < 1:745913/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTaaa < 1:1133373/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTaaa < 2:837800/239‑1 (MQ=255) ggCGCGGATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTTGAGTATCGGTTAAATTTTTTTCCGGGGGGGGCGCCGGAAAt > 1:391480/1‑239 (MQ=255) gctgATGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGt < 1:483278/236‑1 (MQ=255) aTGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACt < 2:1175938/238‑1 (MQ=255) tGTTAGCCAAAATGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTc < 1:620421/238‑1 (MQ=255) tAGCCAAAATGAACTACCTGTCCAGGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGTTCTGCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCATGATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCTCTCTCTCACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTGCCTGCGCATTATCTCCCCCCAAATACTGGC‑GGT‑GCGCTTCGGGAGTATCGGTTAACTTTGCTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCcc‑cc < 2:502707/239‑1 (MQ=255) aaaTGAATTACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGTGGCCTTTTTGGTGATTCGTGTAACCTTTTTCCGGGGGGGGGCGCCGCAAATGG‑ATTCCC‑CCTGGGAt > 2:735757/1‑239 (MQ=255) ttACCTGACCATGTGGGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTgg < 1:1184190/239‑1 (MQ=255) ttACCTGACCATGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTgg < 1:1050089/239‑1 (MQ=255) 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aTGTGCGGGATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGaa < 1:687165/239‑1 (MQ=255) tgCGGGATGCTGGCAGGTTCGATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGCGGGG‑GCCCTTTTGGGGATTCGGTTACCCCTTTTCTCGGGGGGGAGCCGGTAAATGGT‑GTCCACCCTGGAATTACCTGGCTTTTTTGAAc > 2:1816161/1‑238 (MQ=255) gggATGCTGGCAGGTTCCATGACCGATCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCa < 1:1370234/238‑1 (MQ=255) 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1:175080/239‑1 (MQ=255) aTCCTCCGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GGTCTTCTTGGGTCTCGGTTTAATCTTTTTCCGGGGGGGTCGCCGGTAATGGGAACCCA‑CCTGGGATTCTCTGGGATTTTTGTACATCACCGAATAATTCAAAAAATCCCCGct > 2:94979/1‑238 (MQ=255) tcctccGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCACTGAATAATTCAAAAACTCCCCGctct < 2:1125459/239‑1 (MQ=255) tcctccGGCGCTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCACTGAATAATTCAAAAACTCCCCGctct < 1:1319036/239‑1 (MQ=255) 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cgcTGGCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGTAAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCACTGAATAATTCAAAAACTCCCCGctct < 1:1647504/231‑1 (MQ=255) ggCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGGTAACTCTTTTTCCGGGGGAGTCGCCGTGAATGGTACTCCA‑CCTGGTATTCGCTGGCATTTCTGAACATCACTGAATAATTCAAAAACTCCCCCCTCTCCCTATATGAC‑a > 1:1692917/1‑239 (MQ=255) gCGTTTGCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGt < 1:1430067/156‑1 (MQ=255) gCTAATAATCTTCATCCAACCAGCGGTGCGGCGGCGCTCTCTTACGCCACTGTCTATCCGTTGGTAATGTTCCTGCGCATTATCACCCCCCAATTACTGGC‑GGT‑GCTCTTCTGGAGTATCGGTTAACTCTTTTCCGGGTGGAGTCGCCGt < 1:1464943/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |