Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 249,538 | T→G | 28.1% | H187P (CAC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 249,538 | 0 | T | G | 28.1% | 114.5 / 7.3 | 81 | H187P (CAC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/33); new base G (20/7); total (41/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGGTGAGCGGGTTACC‑CTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_007779/249300‑249773 | cTGGGTGAGCGGGTTACC‑CTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGGTTG‑CTCATCCGCCCGCCG‑GTAAAACCCAGCAGGGCGCTGAAA‑AGACAAAA‑CGGGAGGt > 2:1803519/1‑239 (MQ=255) tGGGTGAGCGGGTTACC‑CTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTg < 1:731629/239‑1 (MQ=255) gCGGGTTACCTCTTGGCTTTG‑CCCCCAGCCCCCACCGGTTTGTAACCGGGGCTTAAGCTTATGGCCTCGTGACGGGGAATGGTGTCCCACCTGGCT‑TCGTGCTCGCTGGTTGCGGTGTGGGTGCGGGTGGGGGTTTCGGGGCTTTTCTCTTCCCCCCCGGCGGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGTAGGTGCGGCa < 2:813963/238‑1 (MQ=255) ggtaccc‑cTGTGCTTTTTCCCCCAC‑CGCCCCCAGTTTGTACCCGGGGCTTAAGCTGGTGGGTTCGATCGGGGGAATGGTTTCCCACCTGCCC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGGGAGGGTGGGGGTAGGCGTTTCGGGGCTTTTCTCTCCCCCCCCCGCCGCCAGG‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTcc < 2:479513/233‑1 (MQ=255) ttACC‑CTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGGGGCCTTCCCgg > 1:640196/1‑239 (MQ=255) c‑cTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGCGCGGGATTCCCGGGac > 1:560108/1‑238 (MQ=255) tGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGGACCACCGCCAg > 1:1048123/1‑238 (MQ=255) tGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGGACCACCCCCAg > 1:335157/1‑238 (MQ=255) tGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CCCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCCGGGGGGGCAGTCCCGGGACCACCGCCac > 2:938936/1‑237 (MQ=255) gTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGGACCACCGCCAG‑c > 1:1551274/1‑238 (MQ=255) tCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGGACCACCCCCCG‑Ca > 1:1821111/1‑238 (MQ=255) ccaccgG‑CGCCACTATTTTGTAACCGAGGTTAATGCTGATGGGCTTGTCCAGCGGATTGGTTCCCCAACGGACC‑TGCTCCTCGTTTTTTTCGGTGATGGGGCGGGTCGGCGTTTCGGGCTTTTTCTCTTCCCCCCCCGCCGCCGGC‑GGCTGTTTG‑CTCCCCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCTTTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACg < 2:903431/239‑1 (MQ=255) cccccggccccacccGTTTGTACCCGGGGGTTAAACTGTGGGGGTCGTTCCGGGGGATGGGTTCCCCACTGACCGGGCGGCTCG‑TGGTTCTGGGGGGGGTGGGGGGCCGGGTTTCGGGGCCTTTCCTCTCCCCCCCCGCCGGCCGCGGGTTTTTTG‑CCCTCCCCCCGGCCG‑GTAAACCCAAGCGGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCCCCGCCAG‑CAc < 2:657842/230‑1 (MQ=255) accaG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGa‑a > 1:1742770/1‑239 (MQ=255) accaG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGGGGCCTTCCCGGGACCACCGCCCG‑CACGa > 1:1307328/1‑238 (MQ=255) cgcCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCCCCAG‑CACGA‑ACA‑Ta > 1:156924/1‑238 (MQ=255) caGTTTGTACCCGAGGCTTAAACTGATAGGCTGGATCAGCGGAATGGTTCCCCAACTGCCC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGTTCAGCGTTTCGAGGCTTTCCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCgg < 1:1035348/239‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCACAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAACACCAAGCAGGGCGCCGCAC‑AGCAACAA‑CGGCAGGGCCGGGACTCACCGCACCCCCCCCAG‑CACCACACA‑‑AACCCcggcggcggg > 2:346384/1‑236 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCCGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCCGGGGCGGGACTCCCGGTACCCCCGCCCG‑CCCGA‑AAA‑CAAACCCGGGGGCgggtttgag > 2:1225903/1‑232 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGTCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCACGCGCGGTATTTCCGGGAACACCCCCCGCCACGA‑A‑A‑AAATCCCGGGGGCggcggcgga > 2:677048/1‑232 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCCTTCCCGGTACCACCGCCCG‑CCCGA‑ACA‑TAATCCCGGGGGGGGGGTagg > 1:429209/1‑237 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTTCCGGGACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGGGGGGGGGTagag > 1:302713/1‑239 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGGACCAACCCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGGGGGGGagag > 1:885449/1‑239 (MQ=255) aaCTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTGGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCCCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTgg < 1:401101/222‑1 (MQ=255) tGATAGGCTCGTTCAGCGGAATGGTTTCCCAACGGCCC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGAGGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGTTTTTCTCTTCCGCCCCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACggg < 1:1791731/239‑1 (MQ=255) tGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGcc < 1:273058/197‑1 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCCG‑CACGA‑ACA‑TAAt > 1:547436/1‑209 (MQ=255) tAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGGGGCGGGGTAGAGCACCGACggg > 1:874961/1‑236 (MQ=255) aGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACggggct > 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aTGGTTTCCCAACTGCCC‑TGCTGCTCGCGGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGTTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGG‑GGCTGTTTG‑CTCACCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACg < 1:187347/239‑1 (MQ=255) tGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCCG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGGTGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCCGCAGCTGGTTACg > 1:1659277/1‑238 (MQ=255) tttCCCAACGGCCC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCTTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGG‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAACCCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCAc < 1:688524/238‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttcctcccgccccccccGCCGGG‑GGCTGTTGG‑CTCACCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGgag < 1:1808843/230‑1 (MQ=255) cctTCCCCCCCCGCCGCCAGC‑GTCTTTTTC‑CCCACCCGCCAGCCG‑GTAAACCCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTCCCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGagcag < 1:737254/238‑1 (MQ=255) tcccgcccccgccGCTGGC‑‑GCCGTTTGCCTCACCCCCCACCCG‑GAAAACCCAGGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCGGGGGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAgcagca < 1:1435689/237‑1 (MQ=255) 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gCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca > 1:635829/1‑239 (MQ=255) cgg‑gTAAACCCAAG‑AGGGGGCCGAACAAGCAAAAA‑GGGCAGGTGCGGCTTTCCGGGTACAACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCCGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATATGCGCCCCCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 2:473251/236‑1 (MQ=255) ccG‑ATAAAACCAAGCAGGCGGCTGAAC‑AGAAAAAA‑CGGGGGGGGCGGAGTTCCGGGTCCCCCCGCCAG‑CACGA‑ACA‑GAATCCCGGTGGCGTTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 2:1505631/238‑1 (MQ=255) cG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTCCCCCCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 1:1494942/237‑1 (MQ=255) cG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcatc < 1:938936/239‑1 (MQ=255) cG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcat < 1:1553018/238‑1 (MQ=255) cG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcatc < 1:1803519/239‑1 (MQ=255) cG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGAAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcat < 1:1235360/238‑1 (MQ=255) gTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGGGCGGCATTCCCCGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGGGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATTGGCGATATCGCCGTTGTCGCTCACCCGGGTGACGATAATCCCCGCCGCGGTGGGGAGCAGCAGGGAAGGGGGCCGCGCCCCCACGCCGTCGCCggctgtcacca > 2:749426/1‑228 (MQ=255) 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cgctacacgacAAGAA‑GGGCATGTGGGACATTCCCGGTCCCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGaa < 2:885449/228‑1 (MQ=255) tGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGgc < 1:1623407/238‑1 (MQ=255) cAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGagag > 1:847858/1‑165 (MQ=255) aaaac‑CGGCGGGGGCGGCTCCCCCGGCCCCCCCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGGGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCAt < 2:858174/235‑1 (MQ=255) aa‑CGGCAGGTGCGGCATCCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:371347/239‑1 (MQ=255) accGGCAGGGGCGGCTTTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:1225903/237‑1 (MQ=255) a‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGGGACGATAATCGCCGCCGCGGGGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGa > 1:1790039/1‑222 (MQ=255) ggCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTc < 1:697334/98‑1 (MQ=255) 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CTGGGTGAGCGGGTTACC‑CTGTGCTTTGTCCACCAG‑CGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACC‑TGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGC‑GGCTGTTTG‑CTCATCCGCCAGCCG‑GTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAC‑AGCAAAAA‑CGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAG‑CACGA‑ACA‑TAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_007779/249300‑249773 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |