| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,849,617 | C→G | 6.5% | A183G (GCG→GGG) | tdh → | L‑threonine 3‑dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 3,849,617 | 0 | C | G | 6.5% | 653.2 / 2.8 | 225 | A183G (GCG→GGG) | tdh | L‑threonine 3‑dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/129); new base G (17/2); total (94/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.26e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CATTTGTGCCGCAACACGATAGGCGTTGGTGTTAATCGCCCGGGCTGCTTTGCCGAATATCTGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATCCCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTTTTGATCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGTCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTTTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGTTGGTGCACGC‑AATGTGGTGATCACTGATGTTAACGAATACCGCCTTGAGCTGGCGCGTAAAATGGGTATCACCCGTGCGGTTAA‑CGTCGCC‑AAAGAAAATCTCAATGACGTGATGGCGGAGTTA‑GGCA‑TGACC‑GAAGGTTTTGATGTCGGTCTGGAAATGTCC‑GGTGCGCCGCCAGCGTTTCGTACCATGCTTGACACCATGAATCACGGCGGCCGTATTGCGATGCT > NC_007779/3849382‑3849854 | tgCCGCAACACGATAGGCGTTGGTGTTAATCGCCCGGGCTGCTTTGCCGAATATCTGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATCCCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTTTTGATCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGTCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTTTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGt > 1:829690/1‑239 (MQ=255) aaCACGATAGGCGTTGGTGTTAATCGCCCGGGCTGCTTTGCCGAATATCTGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATCCCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTTTTGATCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGTCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTTTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGTTGGTGc < 1:796262/239‑1 (MQ=255) acacGATAGGCGTTGGTGTTAATCGCCCGGGCTGCTTTGCCGAATATCTGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATCCCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTTTTGATCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGTCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTTTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGTTGGTGCa < 2:20578/239‑1 (MQ=255) acGTTAGGCGTTGGTGTTAAACGCCCGGGCTGCTTTGCCGAAGACCGGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATACCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTGTTGACCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGGCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTCTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGTTGGGGCACg < 2:1427652/239‑1 (MQ=255) 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CATTTGTGCCGCAACACGATAGGCGTTGGTGTTAATCGCCCGGGCTGCTTTGCCGAATATCTGGTGATCCCGGCATTCAACGCCTTCAAAATCCCCGACAATATTTCCGATGACTTAGCCGCAATTTTTGATCCCTTCGGTAACGCCGTGCATACCGCGCTGTCGTTTGATCTGGTGGGCGAAGATGTGCTGGTTTCTGGTGCAGGCCCGATTGGTATTATGGCAGCGGC‑GGTGGCGAAACACGTTGGTGCACGC‑AATGTGGTGATCACTGATGTTAACGAATACCGCCTTGAGCTGGCGCGTAAAATGGGTATCACCCGTGCGGTTAA‑CGTCGCC‑AAAGAAAATCTCAATGACGTGATGGCGGAGTTA‑GGCA‑TGACC‑GAAGGTTTTGATGTCGGTCTGGAAATGTCC‑GGTGCGCCGCCAGCGTTTCGTACCATGCTTGACACCATGAATCACGGCGGCCGTATTGCGATGCT > NC_007779/3849382‑3849854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |