Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,858,461 | C→G | 9.2% | G203G (GGC→GGG) | cysE → | serine O‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,858,461 | 0 | C | G | 9.2% | 556.2 / 5.3 | 211 | G203G (GGC→GGG) | cysE | serine O‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/89); new base G (7/16); total (105/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TCGCGCACTGGCAATCTTTCTGCAAAACCAGGTTTCTGTGACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGC‑GAAAATCCTC‑GGCAATATTGAAGTTGGG‑CGCGGCGC‑GAAGATTGGCGCAGGTTCCGTGGTGCTGCAACCGGTG‑CCGCCGCATACCACCGCCGCTGGCGTTCCGGCTCGTATTGTCGGTAAACCAGACAGCGATAAGCCATCAATGGATATGGACCAGCATTTCAACGGTATTAACCATACATTTGAGTATGGGGATGGGATCTAATGTCCTGTGATCGTGCCGGATGCGA > NC_007779/3858227‑3858699 | tCGCGCACTGGCAATCTTTCTGCAAAACCAGGTTTCTGTGACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGGACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAACATTCGGGAAGGTGTGGTGTTTggcgcgg > 1:509460/1‑239 (MQ=255) tGGCAATCTTTCTGCAAAACCAGGTTTCTGTGACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGC‑Gaaa < 1:1803897/239‑1 (MQ=255) gCAATCTTTCTGCAAAACCAGGTTTCTGTGACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTggcgcggg < 1:969660/230‑1 (MQ=255) aTCTTTCTGCAAAACCAGGTTTCTTGGACTTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGC‑GAAAATCCt < 2:162071/239‑1 (MQ=255) 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cccccGGCAGCAAAAATTGATCGCAGTTGCATGCTTGACCGCTCGATATGCATCGTCGTTTGTGAAACGGGGGTGATTGAAAACGACTTATCGTTTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTTACCGTCACCCGGAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGC‑TAAAATCCTC‑GGCAATATTGAAGTTGGG‑CGCGGCGC‑GAAGATTGGCGCATGTTc < 2:799327/237‑1 (MQ=255) cccGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGC‑GAAAATCCTC‑GGCAATATTGAAGTTGGG‑CGCGGCGC‑GAAGATTGGCGCAGGTTCCg < 1:688427/239‑1 (MQ=255) gcagcaAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTTAAAAAGACGCAACGATTCTGCAATTTGTGACGCCTGGCGGGACGGGTAAAACTGGGGGGGACCGTCACCCCGAAAATCGTGGAGGGGGGATGATTGGGGGGGGGGC‑GAAAAACCTC‑GGGAAAATTTGAGGTGGG‑GGCGGGGCGGAAGA‑TGGGGCCGGGTCCctggt > 2:1285905/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |