| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,096,128 | T→G | 15.7% | V186G (GTC→GGC) | bioH → | pimeloyl‑ACP methyl ester esterase BioH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,096,128 | 0 | T | G | 15.7% | 181.6 / 3.0 | 87 | V186G (GTC→GGC) | bioH | pimeloyl‑ACP methyl ester esterase BioH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/49); new base G (14/2); total (36/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTCACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGTCGATCTCCGT‑CAGCCGCT‑GCAAAACGTGTCCATGCCGT‑TTTTGCGATTGTATGGCTATCTCGACGGTCTGGTGCCGCGC‑AAAGTGGTGCCGATGCTGGATAAACTTTGGCCTCACAGCGAATCA‑TATATCTTCGCCAAAGCGGCCCATGCGCCATTTA‑TTTCGCATCCGGCCGAGTTTTGTCACCTGCTGGTGGCGTTGAAGCAGAGGGTGTAGGTGGCTTTTGAAATGGCGAGACAG > NC_007779/4095891‑4096366 | cgtcGCCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAGCCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGt < 1:18372/238‑1 (MQ=255) tcACCTTGTTTTAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGGTGGGAAATCTGGAAAACGGGCg > 1:1586947/1‑239 (MQ=255) tAGTGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGTCGATCTCCGT‑CAGc < 1:587727/239‑1 (MQ=255) aaaacaaggTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGTCTATCTCCGT‑CAGc < 1:973261/231‑1 (MQ=255) tGCTCGTGACGAGTGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGGT‑GGGAAAACTCAAAAAGGGCGATTTCCGC‑CAGCCg > 1:510411/1‑238 (MQ=255) tGGCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCTGGGAAATCCGGAAAAAGG‑CGGTCTCCCG‑CCGGCGCT‑GCaaaaagggt > 1:572301/1‑233 (MQ=255) gCCGGGGATAAAACCGGACGTGCTGGCGGGATTTCAGCAGCAACTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGACAGGATGCGCGGGCGGTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGGT‑GGGAATTCTGGAAAAGGGCGAACTCCCT‑CAGCCGCA‑GGAAAAAGGGTcc > 1:1320022/1‑238 (MQ=255) 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aCTCAGTGATGATTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGTCGATCTCCGT‑CAGCCGCT‑GCCAAAACTGTCCCTGCCGT‑TTTTTCGATTGTTTGGCCATCTCCACGGTCCgggg > 1:1067410/1‑236 (MQ=255) gatgatTTTCAGCGTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGAAATCCTGAAAACGGTCGATCTCCGT‑CAGCCGCT‑GCAAAACGTGTCCATGCCGT‑TTTTGCGATTGTATGGCTATCTCGACGGTCTGGTGCCGCGC‑a < 1:805012/238‑1 (MQ=255) gTACAGTGGAGCGGTTCCTGGCGTTACAAACCATGGGGACTGAAACGGCGCGCCAGGATGCGCGGGCGTTGAAGAAAACCGTTCTGGCGTTACCGATGCCGGAGGTTGACGTGCTTAATGGCGGGCT‑GGGAAAACTGAAAACGGGCGATCTCCGT‑CCGCCGCC‑GCCACAAGTGTCCATGCCGG‑TTTTGCGCTTTTTTGGGTATTCCGACGGTCCGGTGCCGCGC‑CAAGTGGGGcctgtg > 2:1657795/1‑235 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |