| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,262,217 | A→C | 12.5% | T296P (ACC→CCC) | dinF → | MATE family efflux transporter DinF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,262,217 | 0 | A | C | 12.5% | 384.4 / 3.7 | 141 | T296P (ACC→CCC) | dinF | MATE family efflux transporter DinF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/44); new base C (2/20); total (76/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
ATATGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAGTTGCTGGATGTCTGGCGGGCAGCGTGCCGCCAGTCGGGGATCGTAGCGTTACTGTTTTCGGTGGTTTATTTGCTGGCTGGGGAACACATCATTGCGTTACTGACGTCGTTAACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTATCTGGCA > NC_007779/4261979‑4262455 | atatGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGAGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGAGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTAGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GGGCGACTGGGGCGTGACTTTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGTCGCTACTCa > 2:525765/1‑239 (MQ=255) tatGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCa > 1:485131/1‑238 (MQ=255) tatGCAACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCa > 1:500351/1‑238 (MQ=255) acatgtgtGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAATACCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGGGAAATGCTGAAAGCTGCCTGGCGAGGAAACTTCTGTCGCTTGCTGGCGCTTATCCGA‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTGGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATG‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACGCACCTTTAc < 2:142245/232‑1 (MQ=255) aCATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCAGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTAc < 2:306062/239‑1 (MQ=255) aTTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTAcc > 1:1313887/1‑238 (MQ=255) tGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACTACGCGGAATTTCCGGCGAAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTCGCTTGCTGGCGCTTAACCGC‑GATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGC‑GATCACCGTACTTGGC‑GCGCGACTGGGGAGTGACATTATC‑GCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCACCTTTACCg > 2:81377/1‑237 (MQ=255) 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NC_007779/4261979‑4262455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |