| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,348,548 | A→T | 10.9% | N164Y (AAT→TAT) | melB → | melibiose:sodium transporter MelB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,348,548 | 0 | A | T | 10.9% | 296.0 / 3.3 | 94 | N164Y (AAT→TAT) | melB | melibiose:sodium transporter MelB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/68); new base T (9/2); total (24/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATC‑GGGGATTTGGCTTTCAGATGTTCACTC‑TGGTACTGATCGCCTTTTTTATTGTTTCAACCATCATCACTCTGCGCAATGTGCATGAAGTCTTTTCGTCAGACAATCAACCGTCTGCTGAAGGAAGCCATCTGACACTTAAAGCCATCGTTGCGCTAATTTATAAAAACGATCAGCTTTCATGCCTCTTGGGTATGGCTCTTGCTTATAATGTAGCCAG > NC_007779/4348312‑4348786 | tAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGCTTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGGGTGACGCGACCATTTGGTAAt > 1:192113/1‑239 (MQ=255) aaTCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAAt < 1:1780662/238‑1 (MQ=255) tATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTc > 1:660675/1‑239 (MQ=255) tttCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTTTTAAt > 1:886738/1‑231 (MQ=255) tttCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAAt < 2:886738/231‑1 (MQ=255) tttCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTcg > 1:405078/1‑238 (MQ=255) tAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTTTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATc < 2:1709964/239‑1 (MQ=255) tGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCCTTTGTTTATTATGTCGGC‑GGTGGGGGTC‑ggg > 1:1783770/1‑239 (MQ=255) tGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGGGTGGCGCCCACATTTTGTTCTTTTGTCGGC‑Ggggggggacggt > 2:1215499/1‑231 (MQ=255) tGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCAAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGGGGGACGCTACCAATTGTTTATTATGTCGGC‑GGTGGGGGTC‑ggg > 1:1612810/1‑239 (MQ=255) cgcATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGGGGGGCGCTACCATTTGTTTATTATGTCGGC‑GGGGGGGGTC‑ggggg > 1:702359/1‑238 (MQ=255) aTCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTTCATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACTATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATC‑GGGGAtt < 2:136337/238‑1 (MQ=255) aTCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTTATTATGTCGGG‑GGGGGCGGTT‑GGGGGttt > 1:1160868/1‑239 (MQ=255) 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actactCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATC‑GGGGATTTGGCTTTCAGATGtt < 1:947201/239‑1 (MQ=255) actactCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATC‑GGGGATTTGGCTTTCAGATGtt < 1:196665/239‑1 (MQ=255) actactCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCCAACCATCACGCTCGATAAACGTGAGCGCGAACAACTGGTTCCTTATCCGCGTTTTTTTGCCAGTCTGGCAGGCTTTGTTACGGCAGGTGTGACGCTACCATTTGTTAATTATGTCGGC‑GGTGGCGATC‑GGGGATTTGGCTTTCAGATGtt < 1:1799803/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |