| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3419746 = | 221 (1.180) | 14 (0.080) | 9/372 | NT | 6.9% | pseudogene (850/1025 nt) | Y75_RS16995 | amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_007779 | 3420075 = | 173 (0.990) | coding (87/1182 nt) | Y75_RS17000 | amino acid ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGCT > NC_007779/3419843‑3420307 | aaGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGttgttg < 1:1676595/237‑1 (MQ=255) cgccgtagcgacgctcgttacctcacaccgacttaacgcacgggcggtgcgtactgaataccgccgttattccagagattattttgcccacgtttaattttcagcgggctttctgaacctacgttatgctttccgagGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCtgtt > 2:1374856‑M2/138‑239 (MQ=255) cgccgtagcgacgctcgttacctcacaccgacttaacgcacgggcggtgcgtactgaataccgccgttattccagagattattttgcccacgtttaattttcagcgggctttctgaacctacgttatgctttccgagGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCtgtt > 1:1058219‑M2/138‑239 (MQ=255) aagagagcgccgccgtagcgacgctcgttacctcataccgacttaacgcacgggcggtgcgtactgaataccgccgttattccagagattattttgcccacgtttaattttcagcgggctttctgaacctacgttacgctcaaaaatttccgagtagttacccacctgtttgatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCAttgt > 2:696048‑M2/219‑239 (MQ=255) ggCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGGGCGTTAAGTCGGGGTGAGGTAACGAGCGGCGCCACCGCGGCGCTCTCTTTCGCGGTTTGCTTTTCCAGGGTTCTTTTTTTCCTCCCCCCCCAACCGTTAAAAGCTCCCCCT‑CTTTTTTCAAACCCCCCGTTCGCGCCTGGTTATTCCCCCTCCCTTCCGTTGTTGCTGTTTTCTGGGTTGtttgttgggt > 2:354650/1‑237 (MQ=255) cAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTa < 1:721874/238‑1 (MQ=255) aataatCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCCAGCGTTTAGTCGGTGTGGGGGAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCCCTCTTTCTCGGTATGCTTTTCGAGGGTTTTATGTCTCCTCGCCCCCCCACCGCTTAAAGCTCCCCCTCCTTTTCCCAACCCT‑CGGGTCCCCCCCTGTTTTTCCCGATCCCTGCCCGTGTTTCTTTTTTTGGCCTTGTTGGTTTGttttttt > 2:867993/1‑238 (MQ=255) taatCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTTCGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTcac < 1:1095134/239‑1 (MQ=255) atCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCacaa < 2:1224296/239‑1 (MQ=255) atCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCacaa < 1:1279355/239‑1 (MQ=255) tctcTGGAATAACGGCGG‑ATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCTCTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCacaaca < 1:1188735/239‑1 (MQ=255) ggAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCCGGCGTTAAATCGGGGGGGGGGAACGAGCGGCCCCACCGCGGGGCCCCCTTTCGCGTTATGTTTTTCTGGGGTTTTTTTTCTCCTCCCCCCCCCACCCCTAAAAGCGCACTCT‑CTTTTTTCCACCCCCCCGTTCGCGCCCGGTTTTTTCAGATCCTTTCCGTTTTTTCTGTTTTTGGGGTTGTTGTTTGGGTCTTTTTCAACACTGt > 2:557780/1‑239 (MQ=255) cggcggTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCTGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGTTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAAt < 1:2007249/239‑1 (MQ=255) 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aCCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCAtt > 1:1080730/1‑239 (MQ=255) aCCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCAt < 1:1902797/238‑1 (MQ=255) aCCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGGTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCAtt > 2:1146972/1‑239 (MQ=255) gCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCT‑CTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg < 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1:1007612‑M2/13‑194 (MQ=255) gatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCa < 2:1007612‑M2/182‑1 (MQ=255) atccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGtttt > 1:265309‑M2/12‑239 (MQ=255) tgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCt < 2:430919‑M2/103‑1 (MQ=255) tgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCt > 1:430919‑M2/7‑109 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |