New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_007779 | 4550104 = | 149 (0.790) | 3 (0.020) | 3/382 | NT | 1.8% | coding (329/2637 nt) | fimD | fimbrial biogenesis usher protein FimD |
? | NC_007779 | 4550287 = | 189 (1.060) | coding (512/2637 nt) | fimD | fimbrial biogenesis usher protein FimD | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CGTGATGTCACATTTAATACGGGCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATA > NC_007779/4550049‑4550517 | gTCACATTTAATACGGGCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTatat < 1:1455659/239‑1 (MQ=255) tttAATACGGGCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATtcctcc < 1:1566346/239‑1 (MQ=255) gggCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTAt > 2:454162/1‑239 (MQ=255) ggCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCCCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATg > 2:713835/1‑239 (MQ=255) 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cTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCgg < 1:448228/134‑1 (MQ=255) cTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGt > 1:305106/1‑162 (MQ=255) cTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATg > 1:1237970/1‑175 (MQ=255) cTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATg < 2:1237970/175‑1 (MQ=255) cTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTg > 2:176676/1‑239 (MQ=255) cTGGATGTTGGTAAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGt < 2:305106/162‑1 (MQ=255) tGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTgg < 2:1905078/239‑1 (MQ=255) gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCt > 1:974384/1‑228 (MQ=255) cagcGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGaaa > 2:1011359/1‑122 (MQ=255) 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tttATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATg > 2:1605504/1‑239 (MQ=255) tttATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATg > 2:31310/1‑239 (MQ=255) tGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGgcag < 2:1361933/239‑1 (MQ=255) tGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGgcag < 1:1834021/239‑1 (MQ=255) gAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGgcagc < 2:1971338/239‑1 (MQ=255) gTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCata < 2:736694/127‑1 (MQ=255) aaTCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATccc > 1:1009487/1‑42 (MQ=255) aaTCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCata > 2:1995616/1‑238 (MQ=255) aTCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTa > 1:722483/1‑108 (MQ=255) tCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTaa > 1:865414/1‑128 (MQ=255) tCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTaa < 2:865414/128‑1 (MQ=255) | CGTGATGTCACATTTAATACGGGCGACAGTGAACAAGGGATTGTTCCCTGCCTGACACGCGCGCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATA > NC_007779/4550049‑4550517 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |