| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,606,887 | A→G | 24.7% | M439V (ATG→GTG) | hyfF → | hydrogenase 4 subunit F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,606,887 | 0 | A | G | 24.7% | 63.4 / 7.8 | 47 | M439V (ATG→GTG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/18); new base G (10/2); total (27/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCAT > NC_007779/2606653‑2607124 | gtccTGCTCAGTTACGGCCGGGGCGATCTCATGGTGGTGGGTGGGCTTGTCAAAATCAGCCCATTTACCGCCGTGCGGTTTGGCGGTGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGAGGCCGCCGTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTACTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGAt < 2:589318/233‑1 (MQ=255)gTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGCATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGACTGGTA‑CGGATggg > 1:1517292/1‑238 (MQ=255) tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTGCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 1:325776/239‑1 (MQ=255) ggataaaGTCCGGCACGCGGGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCCAAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 2:406146/234‑1 (MQ=255) gtccaatgccGGCACGCGCGATCTCACCGTCGTCTGTGGGAGGCTCAAAATCGTGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 2:159321/229‑1 (MQ=255) gCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTA‑CCGGTGGCTgggc > 1:2266437/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGAGCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCAGGGACCGGATGGCTccgc > 1:9166/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTA‑CGGGTGGCTGcgcg > 1:2103411/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGGTGGCTGcgcg > 1:823515/1‑239 (MQ=255) gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑AGGATGGCTGCGCgggggg > 1:794172/1‑236 (MQ=255) 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tttGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCTGGGA‑CGGATGGCTGGGCGGGTGGTAATGGCGGAACCGCCGCCGGGCCGTAAACGGGGGGGTGTCGGGTGGGTGGACACCCCGCCC‑AT‑gg > 1:208407/1‑238 (MQ=255) cgagtgaccgtttttCTTGGCTATTTTATGCCCTTGCCCGCGGGCTGGGCAGGTCTTCCCCTGTGGTTTATCGTCCTGCTGTTTTTGCTGTTAAG‑GTGGTTGCTGGGGGGCCGGTTG‑CGGAGGGCGGCGCGGTTGTGAATGGCAAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 2:1963302/229‑1 (MQ=255) cccTTCATATTTTTTCTTGGCGTTTTTATGACCTTTCCCGCGGGGTGGGCCCGTATTCCCCTGCTGATTTTCGTCCTGTTGTTGTTGTTGTTAAC‑GGGGGTGCTGGCGGCCCTGGTG‑GGGAGGGCTGCGGGGGTGTTATGGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 2:431732/239‑1 (MQ=255) 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tACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCCGGCCGTTAACCGGGGGGGTCGCGGGTGGGTGGGCACCACGCCC‑AC‑GGGGATTCTGGCGGGCATGATGGCGGGGGGGGGGACCCACATATCCCAAACTGTCCTCAGGATCCCggcgggcg > 2:54818/1‑239 (MQ=255) tACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTCGTT‑CGGATGGCTTCGCGGGTGTTAATGGCGAAAACGCCGCAGGCCGGTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGGTGACCACCCACCCA‑ATGGGTGATCTTGC‑GGGCATGATGCTGGCGGTGGGGACGCAAATTTCAAAACCTTTCCCCAGGAGCACggcggggg > 2:2044672/1‑237 (MQ=255) gccgGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGGTAACCGGGGGGGTCTCGGCTGGGTGACCACCCCCCCC‑AT‑GGTGGATCTGCTGGGCATGATGCTGGGGGGGGGGAAGCCTATTCCCCAACCTGTCCTCCGGGTCCTgggccggtctct > 2:547853/1‑229 (MQ=255) cgGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAAACGCCGCAGGGCGCTAACCGGGGGGGGCTCGGCTGGGTGGCCACCCCGCCC‑AA‑GGGGGTTCTGCTGGGCATGATGCTGGGGGTGGGGACACATATTCCACAACCCGGCATCAGGATCCTCGCGGgggccttc > 2:757974/1‑234 (MQ=255) gACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGGTGGCTGCGCGGGGGTTTATGGCGAAACCGCCCCCGGCCGTTGACCGGGGGGGGCCCGGCTGGGTGACCCCCCCCCCC‑AC‑GGGGGATCTGCTGGGGCTGATTCTGGCGGTGGGGAACCCTCTTCCACAACCCTTCCTCAAGGTCCTcgcggggcggtccc > 2:1608897/1‑229 (MQ=255) gACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑AGGAAGGCTGCGCGGGGGGTAATGGCGCAACCGCCGCAGGCCGTTAAACGGGGGGATCTCGGCTGGGTTCCCAACCCCCCACAT‑GG‑GTGTCTGCTGGGCATGATGCTGGTGTAGGGGAAGCATAATTCACAACCTGTACTCAGGAGTCTGGGGGGGGCCTCCACt > 2:1608907/1‑239 (MQ=255) gCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑CGGGTGGCTGCGCGGGGGGTAATGGCGGAACCGCCGCCGGGCGCTAACCCGGGGGATCTCGGCTGGGTGGCCCCCCCCCCC‑AA‑GGTGGATCTTCCGGGTCTGATGGTGGGGGGGGGGACGCCTATTTCACAACACCTCCTCACGAACCTGGCGGGGGCGTCCCCcataat > 2:1369248/1‑237 (MQ=255) cgcttatcccccTGCTGATTTTCGTCTTG‑TGTTTTTGGGGTTTACGGGGGGTGTGGGCGGGCCTGGTC‑GGGAGGGCGGCGCGGGTGTAAAGGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGt < 2:1573646/228‑1 (MQ=255) cACGTAATCCCGTGCTGTTTATCGTCTTGCTGTTATTGCTGTTAGC‑GCGGGTGCTGGCGGGCGTGGTG‑CGGATGGGTGGGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGt < 1:948575/238‑1 (MQ=255) cACGTAACCGCCTGCTGATTATCGGCCTGCTTTTTTTGCTGTTACC‑GCGGGTGGGGGGGGGCCTGGGA‑GGGAGGGCTGCGCGGGTTTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGaccac < 1:1750191/142‑1 (MQ=255) 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ctgttccGGAGGGCGGCGCGGGTGTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAgg < 1:97915/233‑1 (MQ=255) aTGGCTGGGGGGTTTTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAACACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCAt < 2:616944/238‑1 (MQ=255) | GTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCAT > NC_007779/2606653‑2607124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |