| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,606,894 | C→G | 17.9% | A441G (GCG→GGG) | hyfF → | hydrogenase 4 subunit F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,606,894 | 0 | C | G | 17.9% | 52.3 / 2.7 | 43 | A441G (GCG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/13); new base G (4/4); total (26/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTT > NC_007779/2606657‑2607130 | tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTGCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 1:325776/239‑1 (MQ=255)ggataaaGTCCGGCACGCGGGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCCAAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 2:406146/234‑1 (MQ=255) gtccaatgccGGCACGCGCGATCTCACCGTCGTCTGTGGGAGGCTCAAAATCGTGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTgcg < 2:159321/229‑1 (MQ=255) gCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTA‑CCGGTGGCTgggc > 1:2266437/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGAGCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCAGGGACCGGATGGCTccgc > 1:9166/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTA‑CGGGTGGCTGcgcg > 1:2103411/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGGTGGCTGcgcg > 1:823515/1‑239 (MQ=255) 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tGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑AGGATGGGTTCGCGGGGGTTTATGGCGAAACCGCCGCCGGCCGGTAACCGGGGTGGTTGCGGCTgg > 1:460270/1‑239 (MQ=255) tttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑CGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCCCCGGCCGTTCACCGGGGGGGTCTTGGCCggggga > 1:1688654/1‑234 (MQ=255) tACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑CGGGTGGCTGCGGGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCGCCGGCCGGTTACCGGGGGGAGCTCGggtgggtggac > 1:545388/1‑235 (MQ=255) 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gACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑AGGAAGGCTGCGCGGGGGGTAATGGCGCAACCGCCGCAGGCCGTTAAACGGGGGGATCTCGGCTGGGTTCCCAACCCCCCACAT‑GG‑GTGTCTGCTGGGCATGATGCTGGTGTAGGGGAAGCATAATTCACAACCTGTACTCAGGAGTCTGGGGGGGGCCTCCACt > 2:1608907/1‑239 (MQ=255) gCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGA‑CGGGTGGCTGCGCGGGGGGTAATGGCGGAACCGCCGCCGGGCGCTAACCCGGGGGATCTCGGCTGGGTGGCCCCCCCCCCC‑AA‑GGTGGATCTTCCGGGTCTGATGGTGGGGGGGGGGACGCCTATTTCACAACACCTCCTCACGAACCTGGCGGGGGCGTCCCCcataat > 2:1369248/1‑237 (MQ=255) cgcttatcccccTGCTGATTTTCGTCTTG‑TGTTTTTGGGGTTTACGGGGGGTGTGGGCGGGCCTGGTC‑GGGAGGGCGGCGCGGGTGTAAAGGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGt < 2:1573646/228‑1 (MQ=255) cACGTAATCCCGTGCTGTTTATCGTCTTGCTGTTATTGCTGTTAGC‑GCGGGTGCTGGCGGGCGTGGTG‑CGGATGGGTGGGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGt < 1:948575/238‑1 (MQ=255) cACGTAACCGCCTGCTGATTATCGGCCTGCTTTTTTTGCTGTTACC‑GCGGGTGGGGGGGGGCCTGGGA‑GGGAGGGCTGCGCGGGTTTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGaccac < 1:1750191/142‑1 (MQ=255) ctgTTTATCGTCCTGTTTTTTTGGCTGTTAAC‑GGTGGTGGTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCGGCGCGGGTTTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATggg < 1:431491/170‑1 (MQ=255) atatgaaacgggcttTTATTGTTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGCCGGGGTG‑CGGATGCCTGCGGGGTTGTTAAGGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGa < 1:1550082/228‑1 (MQ=255) cgcccTGCTGTTTTTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCGGGCGGGCCTGGTC‑GGGAGGGCGGGGCGGGTGTTAAGGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATctgc < 1:461512/236‑1 (MQ=255) gTCCTGGTGTTTTGGCGGTTAGC‑GGGGGGGCTGGCGGGCCGGGGA‑GGGGGGGTTGGGCGGGGGTTAATGGGGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATctgc < 1:1221911/238‑1 (MQ=255) tgctgTTCTTGCTGTTACC‑GCTGGTGCTGGCGGCCCGGGTC‑GGGATGGCGGCGCGGTTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGca < 1:2106930/239‑1 (MQ=255) 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tGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACtata > 1:567/1‑160 (MQ=255) tGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGtt > 1:811637/1‑238 (MQ=255) gcgcGGTTGTTAATGGCGAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGTGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCTCAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGttt < 1:1471804/238‑1 (MQ=255) | TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAC‑GCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTA‑CGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCA‑AT‑GGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTT > NC_007779/2606657‑2607130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |