| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,044,501 | A→T | 8.5% | T164S (ACC→TCC) | livH → | high‑affinity branched‑chain amino acid ABC transporter permease LivH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,044,501 | 0 | A | T | 8.5% | 395.5 / 2.7 | 149 | T164S (ACC→TCC) | livH | high‑affinity branched‑chain amino acid ABC transporter permease LivH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/77); new base T (10/4); total (65/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCGGTGCGTAACTCTAAGCGCCTGATTGCACTCATCTCTGCAATCGGTATGTCCATCTTCCTGCAAAACTACGTCAGCCTGACCGAAGGTTCGCGCGACGTGGCGCTGCCGAGCCTGTTTAACGGTCAGTGGGTGGTGGGGCATAGCGAAAACTTCTCTGCCTCTATTACCACCATGCAGGCGGTGATCTGGATTGTTACCTTCCTCGCCATGCTGGCG‑CTGACGATTTTCATTCGCTATTCCCGCATGGGTCGCGCGTGTCGTGCCTGCGCGGAAGATCTGAAAATGGCGA‑GTCTGCTTGGCATTAACACCGACCGGGTGATTGCGCTGACCTTTGTGATTGGCGCGGCGATGGCGGC‑GGTGGCGGGTGTGCTGCTCGGTCAGTTCTACGGCGTCA‑TTAACCCCTACATCGGCTTTATG > NC_007779/4044267‑4044722 | gcCTACGGCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCGGTGCGTAACTCTAAGCGCCTGATTGCACTCATCTCTGCAATCGGTATGTCCATCTTCCTGCAAAACTACGTCAGCCTGACCGAAGGTTCGCGCGACGTGGCGCTGCCGAGCCTGTTTAACGGTCAGTGGGTGGTGGGGCATAGCGAAAACTTCTCTGCCTCTATTACCACCATGCAGGCGGTGAACTGGGTTGTTACCt > 1:1745048/1‑238 (MQ=255) ggCTGGAGTATCGAACGGGTGGCTTACCGCCCGGTGCGTAACTCTAAGCGCCTGATTGCACTCATCTCTGCAATCGGTATGTCCATCTTCCTGCAAAACTACGTCAGCCTGACCGAAGGTTCGCGCGACGTGGCGCTGCCGAGCCTGTTTAACGGTCAGTGGGTGGTGGGGCATAGCGAAAACTTCTCTGCCTCTATTACCACCATGCAGGCGGTGATCTGGATTGTTACCTTCCTCGc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |