| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,160,444 | C→G | 7.7% | G212G (GGC→GGG) | kefB → | glutathione‑regulated potassium‑efflux system protein KefB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,160,444 | 0 | C | G | 7.7% | 516.3 / 2.6 | 198 | G212G (GGC→GGG) | kefB | glutathione‑regulated potassium‑efflux system protein KefB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/85); new base G (3/15); total (96/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GCGTGAGAAAGGGATGAATCGCAGCGAATCCGGCCAGCTCGGGTTTTCGGTTCTGCTGTTTCAGGATCTGGCAGTAATCCCAGCACTGGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTCTGGCGTGCGGGAAGTGTTCACCGCCGCGACGCTGCTGCTGGTGTTGGGTTCCGCATTGTTTATGGATGCGCTGGGGCTGTCGATGGCGCTCGGTACATTTATTGCGGGCGTGCTGCTGGCGGAAAGTGAATATCGCCATGAACTGGAAACGGCTATCGATCCCTTCAAAGGCTTGCTGCTCGGTTTGTTCTTTATCTCTGTCGGCATGTCACTCAACCTCGGGGTGCTTTATACCCAT > NC_007779/4160213‑4160678 | agaAAGGGATGAATCGCAGCGAATCCGGCCAGCTCGGGTTTTCGGTTCTGCTGTTTCAGGATCTGGCAGTAATCCCAGCACTGGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGGCGGCGTGAAGGGGCTGGCGTTTGTCGGCCTGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTTTTGCTGCTTCTGGCGTGGGGGGAggg > 2:498404/1‑237 (MQ=255) 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gAATCCGGCCAGCTCGGGTTTTCGGTTCTGCTGTTTCAGGATCTGGCAGTAATCCCAGCTCTGGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTCCTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTCTGGCGTGCGGGAAGTGTTCACCGCCGCGACgctg < 1:1812094/237‑1 (MQ=255) ccAGCTCGGGTTTTCGGTTCTGCTGTTTCAGGATCTGGCAGTAATCCCAGCACTGGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGTGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTCTGGCGTGCGGGAAGTGTTCACCGCCGCGACGCTGCTGCTGgtg < 1:1572733/238‑1 (MQ=255) gTTTTCGGTTCTGCTGTTTCAGGATCTGGCAGTAATCCCAGCACTGGCGTTAGTGCCGTTGTTGGCGGGGTCGGCAGACGAACATTTCGACTGGATGAAGGTCGGCATGAAGGGGCTGGCGTTTGTCGGCATGCTGATTGGTGGGCGCTATTTACTGCGTCCGGTATTCCGCTTTATTGCAGCTTCTGGCGTGCGGGGAGTGTTCACCGCCGCGACGCTGCTGCTGGTGTTGGGTTcc > 1:1172550/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |