| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,322,862 | T→C | 11.5% | E194G (GAG→GGG) | phnK ← | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,322,862 | 0 | T | C | 11.5% | 254.7 / 2.1 | 97 | E194G (GAG→GGG) | phnK | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/25); new base C (3/10); total (62/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATG > NC_007779/4322629‑4323094 | aCGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTccacc > 1:528040/1‑239 (MQ=255) cGGGGAGCGCATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACCCCTAAAACATGGGGGACAATCACCCCCCCGCGGTTCCGCCccacc > 2:2195392/1‑238 (MQ=255) aattgagccggtgccggatgcggcgtaaacgccttatccggcctacaaatgcgctccccgtaggtcggataagacgcgtcagcgtcgcatccgacacccgaaccacgaggcgaaaaatgattaacgtacaaaacgtcagtaaaaccttcatcctgcaccagcaaaCGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTccaccacca < 2:1248516‑M2/73‑1 (MQ=255) cgcATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGCCGCCCAAATCATGGGGGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGc > 1:1967127/1‑238 (MQ=255) ccccgTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAACCCCACCACCAGGCcgc > 1:4961/5‑238 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCgcagc < 2:1343464/239‑1 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTcca < 1:1428008/217‑1 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGCTGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTACATCATGGGTGCAAATCACCACCGCAAGGGTCAGCTCCACCACCAAGCCGCGCAGCAggccc > 1:832053/1‑236 (MQ=255) ggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGa < 1:1661059/239‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCCGCTCCACCACCAGGCCGCCCAGCACGGCGac > 2:736987/1‑238 (MQ=255) cGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGGGACAATCACCACCCCGAGGTTCAGCCCCACCACCAGGcc > 2:1428008/1‑217 (MQ=255) ttACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGcc < 2:1338389/239‑1 (MQ=255) tACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGCCGGGcc > 1:1277176/1‑238 (MQ=255) 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atgatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCCCCGACCCATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCa > 1:224408/1‑239 (MQ=255) tgatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCCGTCGGTTCATCCCTAAACACCCGCTTCGGATGCGTcccccg > 2:853677/1‑237 (MQ=255) tgatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCCGTCGGGTTATCCCTCAACACCCACCTCGGATGCCCCACCAg > 2:1602390/1‑239 (MQ=255) tgatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCCGTCGGGTCATCCATAAAAACCAGCTTCGGATGCGTccccca > 1:747692/1‑237 (MQ=255) tgatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCCACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACCCCAGCTTCGGATGCGCCACCAg > 1:254821/1‑239 (MQ=255) gatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGc < 1:431207/172‑1 (MQ=255) gatgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGc > 2:431207/1‑172 (MQ=255) 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< 2:1787039/237‑1 (MQ=255) cACTCTCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATAcc > 1:325176/1‑238 (MQ=255) ctctCCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGGCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGGCCCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCACAccgcc > 1:1811479/1‑239 (MQ=255) tctcCACCACTTG‑CCCCTGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCCGTCGGGTCATCCCTAAACACCCGCCTCGGATGCGTCACCCGGTTGCGGGCAATATGCAAACGCTCCTGCATAccgccg > 2:1823944/1‑239 (MQ=255) 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tGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGGTCATCCATAAACACCAGCCTCGGATGCGTCACCCGGGTGCGGGCAATCTGCAAACGCCCCTGCATACCGCCGGACAAGGTGGTCGGCAg > 1:1255177/1‑239 (MQ=255) tGCTTCATCACCA‑GCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCCGCCCCGACACCTCCAGCCCGCCGGGCGGGTCATCCCTAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCCGGTTGCGGGCAATCTGCCAACCCTCCCCCCAACCCCCGGAAAAGGTGggcggccg > 2:65069/1‑237 (MQ=255) cTTCATCACCA‑GCAACCGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCCCCACCCCCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCa < 1:9943/200‑1 (MQ=255) tcatcaCCA‑GCAAACGGCCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCCCCCCCGCGAGGTTCAGCCCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCCCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCaa < 1:2087688/192‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |