Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_007779 | 4,435,025 | A→G | 11.9% | E161G (GAG→GGG) | cycA → | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 4,435,025 | 0 | A | G | 11.9% | 576.3 / 14.5 | 220 | E161G (GAG→GGG) | cycA | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/111); new base G (28/2); total (107/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AATACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAAGCGTCATTCGCGCATTTGTGGAATGACGGC‑GGCTGGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCAA > NC_007779/4434791‑4435259 | aaTACAAATCTTTTATTGACTTTGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGtt < 1:2063392/238‑1 (MQ=255) tACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACGCTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTg < 1:1569690/239‑1 (MQ=255) cAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGGGAGTGCTGGTGGTGGAGGTCAATCTCGGCACCGTGCAAATGTTCGGTGAGATGGGGTTCTggg > 1:1782140/1‑238 (MQ=255) aTCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGGTAGTGCTGCTGCTGACCCCCAAACTCGCCACCCGGAAAATGGTCGGTGGGGTGGGGTTCTGGgttt > 2:1571653/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |