Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 4,575,860 | A→C | 23.7% | V132G (GTG→GGG) | Y75_RS22690 ← | PLP‑dependent aminotransferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,575,860 | 0 | A | C | 23.7% | 129.0 / 2.4 | 60 | V132G (GTG→GGG) | Y75_RS22690 | PLP‑dependent aminotransferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/16); new base C (2/15); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGA‑CCGGCTAACAAGTCATAACCGA‑GAACGG‑TTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCT > NC_007779/4575627‑4576094 | gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGA‑CCGGCTAACAAGTCATAACCGA‑GAACGG‑TTTGCAGATTATGCTGcaccac < 1:484729/238‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGA‑CCGGCTAACAAGTCATAACCGA‑GAACGG‑TTTGCAGATTATGCTGCaccacc < 1:2221263/239‑1 (MQ=255) acctccaccGAACCTGAATAACAGGGGGATTCGCCGCCGACAATATCCCCGGTTTTACCCACTGCCATTACCGCCAGCGACATCGAGTTATGGCGGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGA‑CCGGCTAACAAGTCATAACCGA‑GAACGG‑TTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCt < 2:860184/231‑1 (MQ=255) gggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGG‑GACCCCCCAGCCCCCGTCCGGCATCCTGGGGGGACCCCGCTCTCGCCATACCCGGCGATCCGGCAAAC‑AGGCCTAACCGACAAAGGG‑TTTGTGCATT‑TTCTTCCCCACCCCGCTCTGCTCCCCCCACCGCGGGTTccg > 2:1704671/1‑236 (MQ=255) 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ttATGCTGCCCCCCCCGTCTTGGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGtgat < 2:1568061/239‑1 (MQ=255) ttATGCTGCACCCCGCGGCTTAGCCTCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGtga < 1:919702/238‑1 (MQ=255) ttATCCTGCCCCGCCGGGTTTGGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGtg < 1:29115/237‑1 (MQ=255) aaggcgccaccacCCGGCTGAGCCCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CGTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGtgatg < 1:866172/232‑1 (MQ=255) gctgcACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGt > 2:2127601/1‑136 (MQ=255) gctgcACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGt < 1:2127601/136‑1 (MQ=255) tgcACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCt < 1:1189989/238‑1 (MQ=255) cccaccccCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCt < 1:452891/236‑1 (MQ=255) | GCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGA‑CCGGCTAACAAGTCATAACCGA‑GAACGG‑TTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTC‑AGGCTGGGCG‑CTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTAC‑TG‑GCGGC‑TGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCT > NC_007779/4575627‑4576094 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |