| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 99,078 | A→T | 10.6% | I226F (ATC→TTC) | ftsW → | cell division protein FtsW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 99,078 | 0 | A | T | 10.6% | 338.4 / 6.3 | 132 | I226F (ATC→TTC) | ftsW | cell division protein FtsW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/75); new base T (13/2); total (53/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAAC‑CGTACCGTATCCGCCGTGTTACCGCATTCTGGAACCCGTGGGAAGATCCCTTTGGCAGCGGCTATCAGTTAACGCAATCGCTGATGGCGTTTGGTCGCGGCGAACTTTGGGGGCAAGGTTTAGGTAACTCGGTACAAAAACTGGAGTATCTGCCGGAAGCGCACACTGACTTTATTTTCGCCATTATCGGCG > NC_007779/98840‑99315 | ccAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTa < 2:1017598/239‑1 (MQ=255) cAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTc < 1:2104997/238‑1 (MQ=255) tCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGGGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGGAATTGGGGGAGGTCATTGGCTTTATTGGGATGGGGCTTTCAGCGGgtgt > 1:202910/1‑239 (MQ=255) cGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTtgt < 2:842874/238‑1 (MQ=255) gCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATa < 1:2242787/239‑1 (MQ=255) tatCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGGGAAATTGTGGCAGGTCATTGCCACTTTCGGTTTGGGCAGTTTAGGGGGTGTGGT‑TCTGGTACTc > 2:468919/1‑238 (MQ=255) tatCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGATATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCg < 2:643582/239‑1 (MQ=255) 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cAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGaa < 2:2039634/238‑1 (MQ=255) cAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAac < 2:1855610/239‑1 (MQ=255) aaCTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAac‑c < 2:623004/239‑1 (MQ=255) 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aataaCCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGTACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTtgtg > 1:1258401/1‑186 (MQ=255) taaCCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCTGGATGGGGATTTTAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAAC‑AGGACCGCATACCCCGTGTTTCCGCGTTTTGGAAc > 2:1261153/1‑238 (MQ=255) ccTGCGCGGCTTCCTGAAGCCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGGGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAAC‑CGTACCGTATCCGCCGTGTTACCGCATTCTGGAACCCGt < 1:279812/239‑1 (MQ=255) ccTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTGTTGGCAGTGTTACTGCTGGCACAGCCAGACCTTGGTACGGTGGTGGTGTTGTTTGTGACTACGCTGGCGATGTTGTTCCTGGCGGGAGCGAAATTGTGGCAGTTCATTGCCATTATCGGTATGGGCATTTCAGCGGTTGTGTT‑GCTGATACTCGCCGAAC‑CGTACCGTATCCGCCGTGTTACCGCATTCTGGAACCCGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |