| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 705,003 | A→C | 14.3% | H213P (CAC→CCC) | nagE → | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 705,003 | 0 | A | C | 14.3% | 239.4 / 3.2 | 98 | H213P (CAC→CCC) | nagE | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/61); new base C (14/2); total (35/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAACACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGG‑GTAC‑GGTTTTCCACGGTG‑ACATTAACCGCTTCTATGCCGGT‑GACGGCACCGCGGGGATGTTCA‑TGTCCGGCTTCTTCCCGATCATGATGTTCGGTCTGCCGGGTGCGGCGCTGGCGATGTACTTCGCAGCACCGAAAGAGCGTCGTCCGATGGTTGGCGGTATGCTGCTTTCTGTTGCTGTTACTGCGTTCCTGACCGGTGTGACTGAGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCTGCTGT > NC_007779/704767‑705239 | gATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAACACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGG‑GTAC‑GGTTTTCCACg < 1:496030/239‑1 (MQ=255)gATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAACACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGG‑GTAC‑GGTTTTCCACg < 1:2265361/239‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAACACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGG‑GTAC‑GGTTTTCCACGGt < 1:1166730/239‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAACACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGG‑GGAC‑GGGTTTTCACGGGG‑ACa > 2:1401670/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |